Sup-seq：一种基于转座子测序的全基因组遗传抑制子检测技术及其在肺炎链球菌中的应用

《Nature Communications》：Genome-wide mapping of genetic suppression events in Streptococcus pneumoniae

摘要

历史上，抑制分析一直是揭示必需基因功能的一种有力工具。在本研究中，我们报道了Sup-seq，一种带有随机DNA条形码的转座子测序技术，能够在全基因组范围内检测遗传抑制。当应用于肺炎链球菌中的七个必需基因时，Sup-seq发现了跨越多种细胞通路的53个抑制子。这些抑制子通过不同的机制发挥作用，例如基因失活、过表达或下调，具体取决于转座子插入的位置和方向。我们的概念验证实验鉴定了一个此前未被表征的转录调控因子，该因子控制分子伴侣和核糖体蛋白的表达，同时发现了一种绕过生长对乙酸激酶需求的机制。此外，我们发现磷脂酰甘油在肺炎链球菌中是条件必需的，揭示了磷脂合成与钾转运之间意想不到的联系。这些发现表明，Sup-seq是一种为揭示必需基因功能提供机制洞察的便捷方法。此外，Sup-seq可以适配到其他细菌中，有助于鉴定新的抗菌靶点。