中国肺部感染患者痰液来源 Syncephalastrum contaminatum 142427 菌株基因组草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of the mucoralean fungus Syncephalastrum contaminatum strain 142427, isolated from a human sputum specimen

　　

摘要

Syncephalastrum contaminatum是一种最近被发现的毛霉菌目真菌，其基因组数据较为有限。我们报告了从中国一位肺部感染女性患者的痰液中分离出的142427菌株的26.77 Mb基因组草图。这一基于临床样本的基因组有助于开展Syncephalastraceae科的比较研究。

公告

Syncephalastrum contaminatum于2020年被首次描述，其与相关物种的区分依赖于多基因位点和全基因组序列数据，因为形态特征及内部转录间隔区(ITS)序列的变异可能使物种鉴定变得复杂（1，2）。对毛霉菌目（包括Syncephalastrum属）进行更广泛的基因组采样，对于研究其分类学、基因组进化及致病相关性特征具有重要意义（3）。本文报告了2021年8月从中国成都一位肺部感染女性患者的痰液中分离出的142427菌株的基因组草图。尽管该菌株在疾病中的作用尚未确定，但这一临床来源的基因组为Syncephalastrum属及其相关真菌的比较分析提供了重要资源。

142427菌株是从中国青岛Hopebio公司提供的含有葡萄糖的琼脂平板上的痰液样本中，在30°C条件下培养5天后获得的分离株。显微镜观察表明该菌株属于毛霉菌目，但无法进行物种 level 的鉴定。新鲜菌丝体通过玻璃珠机械破碎后，使用QIAamp DNA Blood Mini Kit（目录号51104；Qiagen公司，德国Hilden）按制造商说明提取DNA。DNA浓度通过Qubit荧光计测定，纯度通过NanoDrop分光光度计评估，完整性通过1%琼脂糖凝胶电泳验证。使用NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit（目录号E7645；New England Biolabs公司，美国伊普斯威奇）从0.5 μg DNA制备条形码双端文库，随后按照Illumina推荐的协议在Illumina NovaSeq 6000平台上进行测序，读长为150 bp。测序结果共获得31,556,256条读段（15,778,128对读段；总序列长度4.73 Gb）， Coverage率为约177倍。除非另有说明，否则所有步骤均使用默认参数。读段质量通过fastp v1.3.6（4）进行筛选，组装通过SPAdes v4.2.0在隔离模式下完成（5）。组装统计结果使用QUAST v5.3.0（6）计算。完整性通过BUSCO v6.1.0和fungi_odb10数据库（7）进行评估。物种归属通过skani v0.3.2（8）对可用毛霉菌目参考基因组进行平均核苷酸身份(ANI)分析来确定。

最终组装的基因组包含1,301个Contig，总长度为26,766,572 bp，其中N50序列长度为480,313 bp，N90序列长度为125,454 bp，最大Contig长度为2,258,251 bp，GC含量为47.34%。BUSCO分析显示97.9%的Contig是完整的，其中92.7%为单拷贝Contig，5.1%为重复Contig。与S. contaminatum模式菌株UoMD18-1（GCA_013461545.1）的全基因组比较显示ANI值为97.86%，参考序列比对分数为95.78%，查询序列比对分数为96.49%，从而支持将其归类为S. contaminatum。142427菌株和UoMD18-1的基因组统计信息详见表1。总体而言，该基因组丰富了现有的S. contaminatum基因组资源，有助于未来对Syncephalastraceae科多样性的比较研究。

表1

表1 Syncephalastrum contaminatum基因组信息及组装质量

< /> < /> < /> >完整单拷贝BUSCO比例（%） >完整重复BUSCO比例（%） >片段化BUSCO比例（%） >缺失BUSCO比例（%） >搜索到的BUSCO组总数

基因组统计	142427	UoMD18-1
组装水平	Contig	Scaffold
估计测序深度（×）	177	67
组装序列数量	1,301	373
最长序列长度（bp）	2,258,251	1,658,490
总长度（bp）	26,766,572	26,755,803
GC含量（%）	47.34	47.47
N50序列长度（bp）	480,313	482,649
N90序列长度（bp）	125,454	142,427
13	16
56	53
97.9	98.2
92.7	92.9
5.1	5.3
0.3	0.3
1.8	1.6
758	758