日本食虫蝙蝠肠道微生物群多样性特征及其与宿主物种、地理位置和季节的关联研究

《Animal Microbiome》：Gut microbiota of insectivorous bats in Japan: host-, location- and season-associated community structure and exploratory screening for bacterial pathogen targets

　　蝙蝠肠道微生物群因其生态学和公共卫生意义日益受到关注，但塑造肠道微生物群落的因素——如宿主物种、环境位置、季节和生态变化——在日本食虫蝙蝠中仍缺乏了解。我们利用高通量16S rRNA基因（V3–V4）扩增子测序技术，对收集自山口县三个地点的三种食虫蝙蝠（Miniopterus fuliginosus、Myotis macrodactylus和Rhinolophus ferrumequinum）的肠道微生物群进行了表征。此外，我们使用嵌套PCR对部分样本进行了细菌病原体目标筛查。肠道微生物群主要由Pseudomonadota（63.6%）和Bacillota（22.3%）主导，提出的全球核心菌群中的十个属占总相对丰度的74.5%。在一个基于Bray-Curtis距离的多变量边际PERMANOVA模型中，纳入物种、位置、季节、性别和体重等因素后，细菌群落组成与宿主物种（R2 = 0.10，p = 0.005）、地理位置（R2 = 0.06，p = 0.005）和季节（R2 = 0.05，p = 0.015）显著相关。以Shannon指数衡量的α多样性在不同季节间具有统计学显著差异（p = 0.023），但在宿主物种和采样地点间无显著差异。PICRUSt2推断的功能谱显示物种间（p = 0.114）和地点间（p = 0.412）无显著差异。共现网络分析表明核心菌类的连通性存在物种和地点特异性模式。病原体探索性筛查发现了若干具有潜在临床和人畜共患意义的细菌类群，包括与Bacillus cereus群相对应的Bacillus_A。我们提供了对日本食虫蝙蝠肠道微生物组的表征，并识别了与宿主、位置和季节相关的群落组成差异，同时承认这些因素在一定程度上存在混杂。发现具有潜在临床和人畜共患意义的细菌类群，凸显了在野生动物中将肠道微生物组分析与探索性细菌监测相结合的价值。PICRUSt2和共现分析结果为假设生成性结果，而非微生物功能或生态互作的直接证据。需要进一步研究以表征已识别的细菌类群并评估其潜在的一体健康相关性。