指数种群分析系统鉴定纳米孔直接RNA测序中假尿苷、次黄嘌呤核苷及5-甲基胞嘧啶修饰的候选序列基序

《BMC Bioinformatics》：Extracting candidate motif patterns for multiple RNA modifications using direct RNA sequencing

【字体：大中小】 时间：2026年10月24日 来源：BMC Bioinformatics 4.4

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　　摘要RNA 修饰已成为 RNA 生物学几乎所有方面的关键调节因子，推动了对全转录组检测计算方法的日益增长的兴趣。对于某些 RNA 修饰，可以利用特征序列基序来缩小搜索空间，例如与 m?A 相关的经典 DRACH 基序。然而，对于大多数其他 RNA 修饰，类似的序列偏好仍然在很

摘要

RNA 修饰已成为 RNA 生物学几乎所有方面的关键调节因子，推动了对全转录组检测计算方法的日益增长的兴趣。对于某些 RNA 修饰，可以利用特征序列基序来缩小搜索空间，例如与 m?A 相关的经典 DRACH 基序。然而，对于大多数其他 RNA 修饰，类似的序列偏好仍然在很大程度上尚不清楚，这使得系统性基序发现具有相当大的挑战性。在此，我们将指数种群分析应用于 HEK293T 细胞和人体外周血的直接 RNA 测序数据，以鉴定假尿苷（Ψ）、次黄嘌呤核苷（I）和 5-甲基胞嘧啶（m?C）的候选基序模式。我们的结果表明，指数种群分析提供了一个系统框架，用于从基于纳米孔的 RNA 修饰预测中鉴定候选基序模式，从而为未来的生物学验证优先确定序列背景。