PELICAN：一种新型噬菌体基因组注释命令行工具的开发与验证

《BMC Bioinformatics》：PELICAN: a new bacteriophage genome annotation tool

　　**摘要****背景**噬菌体，简称噬菌体，是一类感染细菌的病毒。它们可以用作抗菌剂，特别是针对重要的细菌病原菌。在噬菌体基因组中准确识别基因对于研究和治疗应用至关重要。检测与溶原或溶菌生活方式、毒素或细菌适应性相关的基因有助于指导噬菌体的选择。**结果**我们提出了PELICAN，一种用于噬菌体基因组注释的命令行工具。PELICAN流程分为四个阶段：(i) 整合多工具预测结果；(ii) 基于概率和机器学习的方法对非共识基因进行评估；(iii) 解决重叠预测问题；(iv) 对重叠位点进行密码子偏好性检查以生成最终注释。为验证效果，我们使用了经转录组学验证的参考噬菌体基因组注释，并将结果与其他噬菌体基因组注释工具的结果进行了比较。PELICAN具有最好的召回率，但比某些其他工具具有更高的假阳性率。我们提出证据表明，大多数这些假阳性实际上可能是真阳性。我们的证据主要基于预测编码区域中所编码的假想蛋白的蛋白质折叠得分。**结论**PELICAN是一种用于噬菌体基因组注释的新型工具，与现有的类似工具相比，它提供了更高的基因召回率和具有竞争力的F1值。