百年FFPE组织档案中DNA回收能力及基因组学研究可行性

《BMC Genomics》：Quantification of human DNA from century-old archived FFPE samples for retrospective genomic studies

　　

摘要

背景

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织档案是基因组学研究的一项宝贵资源，它有可能将基因组数据与长期临床结局联系起来。然而，由于固定和长期储存所造成的降解，其可用性一直受到限制，尤其是那些已归档数十年的样本更是如此。

方法

本研究评估了来自斯特拉斯堡病理组织档案（SPTA）于1973年采集并归档的79块FFPE组织切片，以及来自日内瓦脑库（GBB）在1928年至1971年间采集的51块FFPE组织切片。DNA采用法医级别的定量PCR（qPCR）检测进行定量（使用QIAGEN Investigator Quantiplex Pro试剂盒，在Rotor-Gene Q上操作），以精确测量人DNA浓度、评估降解情况并检测PCR抑制。我们提出了一种"发现式"方法，其采样和提取技术由各档案的物质条件决定，同时采用统一的定量方法。

结果

高比例的样本产生了80 bp和95 bp的人DNA片段，而205 bp的片段非常少。所有经布辛溶液（Bouin's solution）处理的器官样本（n?=?12）结果均不理想，但在经福尔马林固定的样本中（n?=?117），有58.1%显示出超过0.25 ng/μL的80 bp人DNA片段，37.6%超过1 ng/μL。

结论

本研究表明，针对FFPE优化的自动化提取方法即使在保存条件不一致的百年归档样本中也能回收可用物质。我们的数据还表明，在本数据集中，DNA回收量的变化与固定条件的关联强于与储存时长的关联，尽管仍需进一步的对照分析来解析这些影响因素。至关重要的是，鉴于回收物质的碎片化特征（此为预期结果），未来对这些物质的分析将不得不采用依赖短片段的下一代测序（NGS）技术和方法来进行。