基于网络药理学、分子对接及计算机模拟分子动力学模拟阐明大刺车前（Pluchea lanceolata）治疗类风湿关节炎（RA）的机制

《In Silico Pharmacology》：Deciphering the therapeutic mechanisms of Pluchea lanceolata in Rheumatoid arthritis (RA) using network pharmacology, molecular docking and in silico molecular dynamics simulations

　　

摘要

类风湿关节炎 (RA) 是一种复杂的多维度自身免疫性疾病，其治疗管理需要多靶点策略。本研究采用整合网络药理学和计算研究方法，评估了Pluchea lanceolata的抗炎关节炎潜力。从 IMPPAT 数据库中检索了 22 种植物化学成分，并对其成药性和毒性进行了筛选，获得了 15 种具有良好预测类药性和毒性谱的候选物。疾病植物靶点交集和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络分析，结合基于韦恩图的共识方法，确定了 8 个关键枢纽基因——PTGS2、MMP3、ESR1、ESR2、BCL2A1、CYP19A1、PTPRC 和 DHFR，这些基因被优先确定为与 RA 相关的潜在枢纽靶点。基因本体 (GO) 和通路富集分析揭示了其在炎症通路中的显著参与，包括 IL-17、NF-κB 和 TNF 信号通路。根据分子对接分析，15 种植物化学成分对选定靶点显示出有利的预测对接分数。其中，环阿坦 -23- 烯 -3,25- 二醇 (Cycloart-23-en-3,25-diol) (? 6.8 到 ? 11 kcal/mol)、异鼠李素 (Isorhamnetin) (? 6.3 到 ? 9.4 kcal/mol) 和普路醇 (Pleuchiol) (? 6.2 到 ? 9.7 kcal/mol) 在一系列靶点上的预测对接分数优于双氯芬酸 (diclofenac) (? 5.2 到 ? 7.9 kcal/mol)。来自分子动力学 (MD) 模拟的结果表明，PTGS2-环阿坦 -23- 烯 -3,25- 二醇复合物具有结构稳定性，并通过均方根偏差 (RMSD)、回转半径、残基水平波动和氢键分布特征得到了支持。总体而言，这些发现表明P. lanceolata具有潜在的多靶点活性，并提供了关于其可能的抗类风湿机制的计算衍生假说。

图形摘要