《Frontiers in Oncology》：FLT3 expression and immune-associated transcriptional signatures in prostate cancer
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背景：批量转录组谱（bulk transcriptomic profiles）混合了来自恶性细胞、基质细胞和免疫细胞的信号。本研究利用批量转录组和单细胞转录组数据检测前列腺癌中的免疫相关基因表达，并单独评估了前列腺癌细胞系中FLT3敲低的影响。方法：研究人员筛
背景：批量转录组谱（bulk transcriptomic profiles）混合了来自恶性细胞、基质细胞和免疫细胞的信号。本研究利用批量转录组和单细胞转录组数据检测前列腺癌中的免疫相关基因表达，并单独评估了前列腺癌细胞系中FLT3敲低的影响。方法：研究人员筛选了来自497例患者的502份样本记录，并鉴定了由ImmuneScore相关差异表达与加权基因共表达网络模块共有的基因。候选基因与四个功能基因集进行了比较。研究人员分析了FLT3表达与免疫相关特征之间的关联，检查了单细胞表达模式，并在DU145和22Rv1细胞中使用两种独立的siRNA评估了FLT3敲低的效果。结果：筛选共鉴定出64个共有基因，与功能基因集比较后优先考虑FLT3和AIM2。FLT3表达与多种免疫细胞特征相关；其与总T细胞和B细胞特征的关联强于与CD8阳性T细胞特征的关联。单细胞分析提示FLT3表达于被注释为单核细胞的细胞中。在DU145和22Rv1细胞中，两种靶向FLT3的siRNA均减少了细胞生长和集落形成，降低了Transwell迁移和侵袭读数，并改变了上皮-间质转化标志物。结论：组织分析支持FLT3表达与免疫相关转录信号之间存在关联。细胞系结果描述了独立的体外表型，并未确立FLT3与淋巴细胞浸润的关系。这些发现并未证明因果性免疫调节机制或预后价值。
论文解读：前列腺癌中FLT3表达与免疫相关转录特征及体外功能
前列腺癌是男性常见恶性肿瘤，在中国等亚洲国家发病率不断上升。雄激素剥夺治疗和雄激素受体靶向药物是晚期疾病的核心治疗手段，然而耐药往往限制长期疾病控制，因此需要寻找新的生物学标志物和治疗策略。肿瘤微环境（tumor microenvironment, TME）由恶性细胞、基质细胞、免疫细胞和细胞外基质组成，其组分间的相互作用影响肿瘤进展、免疫逃逸、转移和治疗反应。前列腺癌常表现为免疫抑制和相对“免疫冷”的TME，这可能部分解释免疫检查点阻断疗效有限的原因。单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）可以识别批量组织数据中混合信号的具体细胞来源。FMS样酪氨酸激酶3（FMS-like tyrosine kinase 3, FLT3）是III型受体酪氨酸激酶，主要在造血干祖细胞中表达，其配体激活后支持造血细胞存活、分化与增殖。FLT3在血液恶性肿瘤中已被广泛研究，但它在前列腺癌中的细胞分布和功能相关性仍不明确。本研究的主要目的是利用批量转录组和单细胞转录组数据表征前列腺癌组织中免疫相关的FLT3表达，次要目的是在两种前列腺癌细胞系中观察FLT3敲低对细胞生长和Transwell实验读数的影响。
研究人员从TCGA-PRAD队列获取502份样本记录（497例患者，2025年1月），使用ESTIMATE计算ImmuneScore、StromalScore和ESTIMATEScore，通过limma差异表达分析和加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）筛选免疫相关候选基因，并与四个GeneCards功能基因集取交集。利用单样本基因集富集分析（single-sample gene set enrichment analysis, ssGSEA）、CIBERSORT、CIBERSORTx和ESTIMATE评估免疫浸润。单细胞数据来自GEO的GSE221603（转移性激素敏感性前列腺癌，mHSPC），使用Seurat进行质量控制、聚类和SingleR注释，并用CellChat推断细胞通讯。体外实验在DU145和22Rv1细胞中使用两种FLT3靶向siRNA敲低，采用CCK-8、集落形成、Transwell和Western blot检测表型。
结果部分按原文小标题展开：（1）ESTIMATE评分与总生存期的探索性关联（Exploratory associations between ESTIMATE scores and overall survival）：通过ESTIMATE计算评分并分组比较，高ImmuneScore组总生存期（overall survival, OS）更长（名义P=0.011），但该分析受死亡事件少和优化截断值限制，不能作为预后证据。（2）ImmuneScore相关共表达模块（ImmuneScore-associated co-expression modules）：WGCNA鉴定出18个模块，darkslateblue模块与ImmuneScore关联最强，包含300个满足模块成员度标准的基因。（3）FLT3和AIM2从免疫相关候选筛选中涌现（FLT3 and AIM2 emerge from immune-associated candidate screening）：差异表达基因与darkslateblue模块基因交集得到64个关键差异表达基因（key differentially expressed genes, KDEGs），与四个功能基因集比较后优先得到FLT3和AIM2。（4）FLT3的探索性生存发现（Exploratory survival findings for FLT3）：基于截断值的未校正分析显示FLT3高表达与较短的无进展间期（progression-free interval, PFI）相关（名义log-rank P=0.012），但与OS和疾病特异性生存期（disease-specific survival, DSS）无显著关联，不能确立预后价值。（5）FLT3和AIM2在泛癌中的表达（FLT3 and AIM2 expression across cancer types）：在规范化pan-cancer数据中，前列腺肿瘤中FLT3表达低于正常前列腺组织；其他癌种存在差异，但组织细胞组成不同，不能证明肿瘤细胞特异性表达改变。（6）FLT3分组间的预测药物反应差异（Predicted drug-response differences between FLT3 groups）：通过oncoPredict预测药物反应，高、低FLT3组对奥拉帕利、阿昔替尼、瑞博西尼和唑来膦酸的预测反应存在差异，但属于计算估计，未经过FLT3扰动验证。（7）KDEGs和FLT3相关基因富集于免疫功能（KDEGs and FLT3-correlated genes are enriched for immune functions）：GO和KEGG富集分析显示KDEGs富集于免疫过程和细胞因子受体通路；FLT3强相关基因富集于淋巴细胞和T细胞分化；STRING网络显示PTPRC为高连接基因。（8）FLT3表达与免疫和基质信号共变（FLT3 expression covaries with immune and stromal signals）：FLT3与ImmuneScore（R=0.64）、StromalScore（R=0.54）和ESTIMATEScore（R=0.65）正相关；ssGSEA显示与总T细胞和B细胞特征的相关性强于CD8阳性T细胞特征，与Th17特征负相关；但该分析基于发现队列，不能独立验证。（9）FLT3在泛癌中与免疫调节基因相关（FLT3 is associated with immune-regulatory genes across cancers）：FLT3与趋化因子、趋化因子受体、主要组织相容性复合体基因、免疫抑制因子和免疫刺激因子相关，可能部分反映免疫细胞丰度，不证明直接调控。（10）单细胞图谱提示FLT3表达于注释为髓系细胞（Single-cell maps suggest FLT3 expression in annotated myeloid cells）：GSE221603分析保留10994个细胞，鉴定20个转录簇，FLT3表达见于被注释为单核细胞的细胞中，提示髓系贡献，但不能确定谱系特异性表达。（11）CellChat推断免疫和基质群体间的通讯（CellChat infers communication among immune and stromal populations）：推断的配体-受体网络显示单核细胞与巨噬细胞、树突状细胞和内皮细胞之间以及T细胞与自然杀伤（natural killer, NK）细胞和树突状细胞之间存在潜在相互作用，但未扰动FLT3，不能将FLT3确定为通讯介质。（12）FLT3敲低改变生长和Transwell实验读数（FLT3 knockdown alters growth and Transwell assay readouts）：Western blot检测到RWPE-1、DU145和22Rv1细胞中FLT3蛋白表达；两种FLT3靶向siRNA均降低CCK-8信号和集落形成，增加E-钙黏蛋白并降低波形蛋白，同时减少Transwell迁移和侵袭读数；这些结果提示生长抑制和上皮-间质转化（epithelial-mesenchymal transition, EMT）相关表型改变，但生长降低可能影响Transwell读数，不能确立迁移或侵袭特异性效应。
讨论部分强调，主要发现是FLT3表达与前列腺癌免疫相关转录特征相关，且与总T细胞和B细胞特征的相关性更强，提示一种广泛的免疫组成模式。细胞实验提供的是独立的表型背景，而非组织水平免疫关联的机制验证。批量表达反映细胞群体混合，其与免疫信号的相关性可能来自细胞丰度变化。单细胞结果提示髓系细胞贡献，但不足以得出谱系特异性结论。与Kuncman等在非小细胞肺癌中报道的FLT3与免疫浸润正向关联相比，本研究探索性PFI分析为不良方向，差异可能源于肿瘤生物学和终点定义不同，但两者均未确立因果关系。生存分析和药物反应预测均为探索性，不能证明预后或治疗价值。研究局限包括候选筛选使用名义P值、免疫分析重复利用发现队列且未校正肿瘤纯度、重复患者记录处理未完全记录、自动单细胞注释不能确定谱系特异表达、未进行siRNA抗性拯救和下游信号测量、生长效应可能影响Transwell结果。结论：FLT3表达与前列腺癌中的免疫相关转录特征相关；单细胞图谱提示髓系细胞对这一组织信号有贡献；独立地，FLT3敲低改变两种前列腺癌细胞系的生长和Transwell读数。这些发现提供了情境依赖的关联和表型，但未确立肿瘤细胞FLT3调控免疫浸润，也未确立其预后或治疗用途。
