FLASHS：一种高效且高准确度的空间转录组图谱尺度变异基因检测方法

《Communications Biology》：FLASHS reveals multiscale spatial gene programs at atlas scale

　　

摘要

空间转录组学将基因表达与组织结构联系起来，但在图谱尺度上检测空间变异基因仍然具有挑战性，因为生物学相关模式通常具有多尺度特性、数据稀疏且多为非参数分布。我们提出的FLASHS方法结合了频域核检验、随机傅里叶特征、稀疏抽样以及经过峰度校正的零假设检验，能够在接近线性的计算成本下保持高斯核模型的灵活性，且无需进行数据排列。在涵盖9种空间转录组学平台的50个基准数据集中，FLASHS在14种对比方法中表现出最高的排名准确率，并且在模拟测试和完整图谱排列的情况下仍能保持准确的推断结果。在人类心脏组织中，该方法揭示了与心室心肌细胞共定位的线粒体生物生成过程。在Allen Brain MERFISH图谱（包含394万个细胞）中，FLASHS仅需几分钟的时间即可在单个工作站上完成分析，即使在

值饱和的情况下也能有效区分生物信号与阴性对照条形码。