《Cancer Medicine》：RAS–Pathway Mutation Profiles and Clinical Outcomes Among Patients With Colorectal Cancer
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背景：RAS–RAF–MAPK与PI3K通路中的体细胞改变是结直肠癌（CRC）的关键特征，但其分布、共现模式及临床意义仍未完全明确。研究人员在大型队列中描述了RAS/MAPK与PI3K通路改变，并评估其预后意义。
方法：研究人员分析了来自1243例CRC患
背景：RAS–RAF–MAPK与PI3K通路中的体细胞改变是结直肠癌（CRC）的关键特征，但其分布、共现模式及临床意义仍未完全明确。研究人员在大型队列中描述了RAS/MAPK与PI3K通路改变，并评估其预后意义。
方法：研究人员分析了来自1243例CRC患者配对样本的全外显子组测序（WES）数据。分析KRAS、NRAS、HRAS、BRAF和PIK3CA的体细胞变异，以量化频率、密码子水平分布和共现模式。采用卡方检验或Fisher精确检验评估描述性体细胞突变状态及人口学与临床特征，并采用多变量Cox比例风险模型评估其与总生存（OS）的关联。
结果：507例肿瘤（40.8%）检出任意RAS家族突变；KRAS、NRAS和HRAS突变分别发生于35.3%、5.4%和0.6%。BRAF V600E检出85例（6.8%），PIK3CA 221例（17.8%），KRAS G12C 38例（3.1%）。KRAS密码子12是主要RAS热点。KRAS-PIK3CA共突变126例（总体10.1%；KRAS突变肿瘤的28.7%），而KRAS-BRAF与KRAS-NRAS共突变不常见，符合MAPK通路的互斥性。RAS突变肿瘤富集于右侧肿瘤和微卫星稳定（MSS）疾病（两者p < 0.001）。KRAS、BRAF V600E和PIK3CA突变频率在右侧肿瘤高于左侧肿瘤。在未校正分析中，西班牙裔患者的KRAS、BRAF V600E和PIK3CA突变频率低于非西班牙裔患者。校正年龄、性别、肿瘤部位和微卫星不稳定性（MSI）状态后，KRAS和PIK3CA的关联减弱，而西班牙裔患者中BRAF V600E频率较低仍持续存在（p < 0.01）。突变状态与5年OS无显著关联。
结论：CRC中RAS/MAPK与PI3K通路改变主要随肿瘤亚型和分子背景而变化，具有临床相关的共突变模式及可靶向的KRAS G12C亚群。这些发现可能支持未来靶向BRAF–RAS轴临床试验。
结直肠癌（CRC）是全球常见恶性肿瘤，RAS–RAF–MEK–ERK（MAPK）与PI3K–AKT–mTOR信号通路失调是CRC的重要分子特征。KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA体细胞突变可导致上述通路组成性激活；约半数CRC携带RAS家族基因突变，约10%携带BRAF激活突变，10%–20%携带PIK3CA突变。这些改变既参与CRC发病，也可作为肿瘤行为与治疗反应的生物标志物。尽管已有研究描述BRAF V600E与年龄、女性、右半结肠等临床特征相关，KRAS、NRAS和PIK3CA突变频率也受性别、民族、肿瘤部位和微卫星不稳定性（MSI）状态影响，但RAS/MAPK与PI3K通路突变在大型CRC队列中的分布、共现模式及其与生存结局的关系仍不完全明确。KRAS G12C抑制剂等RAS靶向治疗进展，也使全面界定可靶向突变亚群更为迫切。基于此，研究人员整合美国多来源研究及The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据，对1243例CRC患者配对肿瘤-正常样本进行WES，系统分析KRAS、NRAS、HRAS、BRAF和PIK3CA突变频率、密码子分布、共现模式及其与人口学、临床特征和OS的关联。研究结论提示，CRC中RAS/MAPK与PI3K通路改变主要随肿瘤亚型和分子背景变化，存在具有临床意义的共突变模式和可靶向KRAS G12C亚群；这些结果可为理解CRC分子异质性、识别治疗相关亚群以及未来靶向BRAF–RAS轴的临床试验提供参考。
关键技术方法概述：研究人员整合Hispanic Colorectal Cancer Study（HCCS）、Puerto Rico Biobank（PRBB）、Colon Cancer Family Registry、H. Lee Moffitt Cancer Center and Research Institute的Total Cancer Care（TCC）及TCGA来源的1243例CRC患者配对样本；肿瘤DNA多来自FFPE，正常DNA来自血、唾液或正常结直肠组织。采用WES，序列比对至GRCh38，应用五重体细胞突变调用流程检测单核苷酸变异和小插入/缺失，保留至少3/5方法检出且排除1000 Genomes Project Phase 3中频率≥1%的变异；MSI用MSIsensor判定（MSI-High≥10，MSS<10）；统计采用卡方或Fisher精确检验、Benjamini-Hochberg校正、多变量logistic回归和Cox比例风险模型。
结果部分：
3.1 Cohort Characteristics（队列特征）：通过按RAS突变状态比较1243例患者的人口学、临床和测序特征，研究人员发现中位年龄65岁，女性47.6%，诊断年份1997—2023年、中位2010年；507例（40.8%）肿瘤至少携带一个RAS突变。RAS突变与年龄、性别、种族/民族、分期、随访时间和生存状态无显著差异，诊断年份有轻度差异（p=0.04）；RAS突变肿瘤更多位于右半结肠（39.8% vs. 28.4%，p<0.001）且更多为MSS（88.2% vs. 77.2%，p<0.001）。
3.2 Mutation Spectrum and Co-Occurrence Patterns（突变谱与共现模式）：通过基因、突变类型和密码子水平汇总，KRAS突变最常见（439例，35.3%），其次为PIK3CA（221例，17.8%）、BRAF（107例，8.6%）、NRAS（67例，5.4%）和HRAS（8例，0.6%）。KRAS几乎均为错义突变（99.8%），密码子12为主（64.7%），p.G12D、p.G12V和p.G13D分别占KRAS突变的25.3%、21.0%和17.8%；NRAS均为错义突变，密码子12和61频率相近；PIK3CA主要为错义突变（95.9%），密码子545和1047常见，p.E545K和p.H1047R分别占26.2%和13.1%；HRAS罕见且未涉及经典G12、G13或Q61激活热点；BRAF以错义突变为主（95.3%），密码子600为主（79.4%），BRAF p.V600E/p.V640E代表不同转录本报告的同一基因组事件。KRAS与NRAS共突变仅6例（0.5%），无三RAS基因共突变。
3.3 Co-Occurrence of RAS/MAPK and PI3K Pathway Mutations（RAS/MAPK与PI3K通路突变共现）：通过配对Fisher精确检验分析共现，多数肿瘤仅一个受检基因发生改变；KRAS-PIK3CA共突变最常见（126例），BRAF-PIK3CA次之（31例）；KRAS-PIK3CA与BRAF-PIK3CA高于偶然期望，而KRAS-BRAF（8例）和KRAS-NRAS（6例）不常见，符合互斥性（校正p<0.05）。
3.4 Mutation Frequency by Clinical Characteristics（按临床特征的突变频率）：通过未校正比较及校正年龄、性别、肿瘤部位和MSI状态的多变量logistic回归，BRAF V600E在女性高于男性（10.0% vs. 4.1%，p<0.001），早发患者低于≥50岁患者（1.2% vs. 7.9%，p=0.002）；KRAS、NRAS和PIK3CA在男女间相似。右半结肠较左半结肠KRAS突变更高（44.3% vs. 25.7%，p<0.001），KRAS G12D富集于右半结肠（10.5% vs. 5.4%，p=0.01）；BRAF V600E（15.6% vs. 3.5%）和PIK3CA（26.8% vs. 14.6%）亦富集于右半结肠（p<0.001）。西班牙裔患者KRAS未校正频率较低（30.6% vs. 40.6%，p<0.001），校正后减弱（校正OR 0.76，95%CI 0.56–1.02，p=0.07）；PIK3CA未校正较低（14.0% vs. 21.3%，p<0.01），校正后减弱（OR 0.75，95%CI 0.51–1.09，p=0.14）；BRAF V600E校正后仍较低（OR 0.40，95%CI 0.20–0.78，p<0.01）。总体TMB中位2.23突变/Mb，各贡献研究相近；西班牙裔与非西班牙裔中位TMB分别为2.15与2.39突变/Mb。
3.5 Survival Analysis by Mutation Status and Ethnicity（按突变状态和民族的生存分析）：通过5年OS分析（1017例可评估，中位潜在随访87个月，随访行政删失60个月），RAS突变与5年OS无显著关联（未校正HR 1.26，95%CI 0.95–1.67，p=0.10；校正HR 1.16，95%CI 0.83–1.60，p=0.38），RAS野生型与突变型5年OS分别为76.3%与73.0%；按分期分层，RAS在I/II、III、IV期均无显著关联。总体BRAF V600E（校正HR 1.32，95%CI 0.62–2.79，p=0.47）和PIK3CA（校正HR 1.06，95%CI 0.68–1.63，p=0.80）亦无显著关联。探索性IV期分析中BRAF V600E与更差5年OS相关（校正HR 4.82，95%CI 1.36–17.17，p=0.02），但仅5例突变阳性且全局交互不显著。BRAF V600E与MSI-H强相关：73.5%的BRAF V600E肿瘤为MSI-H，而BRAF V600E阴性肿瘤为9.1%（p<0.001）；MSI-H中BRAF V600E未校正HR 3.31（95%CI 1.15–9.55，p=0.03），校正后不显著（HR 2.51，95%CI 0.47–13.32，p=0.28），MSS中无显著关联。以ClinVar分类的致癌/可能致癌变异限定敏感性分析未实质改变RAS和PIK3CA生存结果；CRC特异死亡敏感性分析亦无显著关联。RAS突变状态的比例风险假设不满足。
讨论部分总结：研究人员指出KRAS是最常见改变，NRAS和BRAF突变见于较小且大多不重叠的亚群；KRAS、NRAS和BRAF largely互斥符合其共享MAPK通路，而KRAS与PIK3CA共现高于偶然。该结果与既往大规模CRC基因组分析总体一致，但NRAS密码子分布存在差异。总体队列中RAS、BRAF V600E和PIK3CA状态与5年OS无独立关联；IV期BRAF V600E探索性结果提示更差生存，但样本极少且交互不显著。总体BRAF V600E阴性结果与既有不良预后证据不同，研究人员认为这不能削弱其临床相关性：RAS仍是抗EGFR治疗选择的预测标志物，BRAF V600E仍指导治疗强化；缺乏详细治疗数据限制了预后效应与治疗驱动效应的区分。研究强调通路改变在分子构成及临床人口学背景上的异质性；校正后KRAS和PIK3CA在西班牙裔中较低频率减弱，而BRAF V600E较低频率持续存在，但应视为可能受 ascertainment、标本来源、测序方案和患者构成残留差异影响的队列特异性观察，需独立数据验证。KRAS G12C抑制剂联合EGFR阻断及多选择性抑制剂早期试验，使可靶向突变目录和患者亚群界定具有临床转化意义。局限性包括HRAS和BRAF等亚组样本量小、事件少，应视为探索性；治疗信息不完整且缺乏详细靶向治疗信息；以诊断年份部分校正时间变化仍不能排除治疗暴露残留混杂；民族基于自报、病历或癌症登记，不能完全代表遗传祖先、生活方式、环境暴露或医疗可及性；贡献研究与民族强相关且无法纳入主模型；RAS Cox模型比例风险假设不满足，需谨慎解释；仍需机制研究深化突变状态与临床结局关系的理解。
研究结论翻译：CRC中RAS/MAPK与PI3K通路突变随肿瘤部位、MSI状态、性别和诊断年龄而变化。研究人员观察到的突变分布支持全面分子谱分析，并为生物标志物驱动的转化研究和临床试验设计提供参考。
