TabularQual：基于电子表格的布尔和多元逻辑模型表示方法及其与 SBML-qual 的双向转换与集成

《npj Systems Biology and Applications》：TabularQual: a spreadsheet-based format for annotating and curating logical models in SBML-qual

　　

摘要

逻辑模型被广泛用于研究调控和信号系统，但它们在工具间的重用、注释和交换仍然面临挑战。尽管SBML Level 3定性模型（SBML-qual）提供了一种标准表示方法，但其基于XML的语法难以直接检查和编辑。在此，我们介绍TabularQual，一种基于电子表格、由社区驱动的布尔和多元逻辑模型表示方法，并提供电子表格与SBML-qual之间的双向转换器。该转换器可通过编程方式以及公共Web界面（https://tabularqual.streamlit.app/）访问，支持多样化的用户工作流程。我们进一步描述了两项集成策略，使现有的建模工具能够使用TabularQual，通过SBML-qual交换或直接支持来实现。利用Stress Knowledge Map和CaSQ的案例研究展示了这种集成如何支持模型的构建、整理和重用。TabularQual在人类可读的模型表示与标准化可执行格式之间搭建了一座实用的桥梁，支持可重复性、互操作性和社区驱动的模型开发。