小鼠脾脏单细胞多组学参考图谱构建与分析

《Scientific Data》：A single-nucleus multiomic high-resolution atlas of the Mus musculus spleen

摘要

脾脏是系统性免疫监视的核心器官，在利用小鼠模型研究感染、疫苗接种和炎症性疾病方面尤为重要。然而，目前仍缺乏小鼠脾脏的高分辨率单细胞参考图谱。本文提出了一套单核细胞多组学图谱，通过对12个成年C57BL/6小鼠脾脏样本进行同核单核RNA测序和单核ATAC测序分析。经过严格的过滤后，我们保留了41,823个质量最高的细胞核用于两种检测模式。整合分析鉴定出46个精细的细胞群体，涵盖淋巴系、髓系、红系、成纤维细胞、内皮细胞和间皮细胞类型，包括多样的B细胞、T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和成纤维细胞亚群。这些细胞群体通过结合文献指导、脾脏及相关免疫组织的仔细筛选进行注释，包括经典转录标记物、蛋白质标记物以及单细胞表达谱中的特征签名。染色质可及性谱显示启动子可及性与谱系一致。该公开数据集为小鼠脾脏提供了全面的多组学参考，支持免疫相关的转录组和表观基因组研究以及人类疾病的转化建模。