健康罗非鱼肠道罗氏肠杆菌A1的抗菌活性解析与大肠菌素V样候选基因鉴定

《Scientific Reports》：Protease-sensitive antibacterial activity from tilapia gut-derived Enterobacter ludwigii is associated with a colicin V-like genomic candidate

　　与鱼类相关的肠道细菌是抗菌化合物的有前景来源，有望减少对水产养殖中传统抗生素的依赖。本研究对来自健康罗非鱼的64株肠道细菌分离株进行了细菌指示物筛选，其中分离株A1因其无细胞上清液（CFS）表现出抗菌活性而被选中。中和和过氧化氢酶处理未消除活性，热处理减弱但未完全消除抑制作用，而胰蛋白酶和蛋白酶K处理则消除了可检测到的抑制效果。该特性支持一种蛋白酶敏感、部分耐热菌肽样抑制物质（BLIS）的假说。硫酸铵沉淀和透析富集了活性组分，使其对革兰氏阳性菌单核细胞增生李斯特菌的特异性活性提高至10.604 AU μg?1，对革兰氏阴性菌嗜水气单胞菌的特异性活性提高至9.643 AU μg?1。全基因组测序获得了一个经过整理的4.96 Mb草图基因组，包含61条contig，GC含量为54.31%，覆盖度广度为100%，加权平均深度为392.6倍。平均核苷酸一致性（ANI）分析将A1归为罗氏肠杆菌，与模式菌株EN-119的ANI为98.8048%。基因预测和抗菌结构域挖掘鉴定出ELUD_A1_000009_42，编码一种162个氨基酸的类似大肠菌素V/微菌素V蛋白，作为最强的候选决定因子。该候选蛋白显示出Pfam Colicin_V结构域命中，并与公开可用大肠菌素V蛋白具有全长相似性。这些结果将蛋白酶敏感的抗菌表型与一个具体且可验证的基因组候选基因联系起来。