畜牧粪便病毒数据库揭示噬菌体与抗生素耐药性细菌的广泛溶原性关联

《Nature Communications》：A global livestock virome catalog links viruses with resistome assembly

　　

摘要

畜牧业粪便是一体健康框架下抗生素耐药性（AMR）的重要载体，然而病毒对耐药组组装的贡献尚未明确。本研究汇编了畜牧粪便病毒数据库（LMVD），该数据库收录了从4,017个宏基因组中重构的1,330,372个病毒操作分类单元（vOTU），构成了一份全球性目录。畜牧粪便中的病毒群落呈现出受限的生物地理分布，抗生素使用和养殖规模对病毒多样性表现出最高的相对预测重要性。病毒基因组中包含78种抗生素抗性基因（ARG）亚型，占畜牧粪便耐药组多样性的9.1%，但病毒编码的ARG较为罕见。噬菌体则显示出与细菌宿主广泛的预测关联，几乎所有耐药细菌都与病毒存在联系，且主要以温和噬菌体为主，并在致病性耐药细菌中富集。综合而言，这些发现为病毒对ARG直接传播的贡献设定了边界，并表明与耐药宿主的溶原性相互作用可能塑造抗生素耐药性风险。