《International Journal of Molecular Sciences》:Novel Palladium(II) β-Diketonate Complexes: Synthesis, Dual Antimicrobial/Anticancer Activity, and Molecular Insights into DNA/Protein Interactions
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研究人员对多种类型的非共价相互作用(堆叠、氢键和反平行相互作用)在不同相互作用片段距离下进行了对称适配微扰理论(Symmetry-Adapted Perturbation Theory, SAPT)分解分析。尽管在最佳距离附近的小范围内总相互作用能没有显著变化
研究人员对多种类型的非共价相互作用(堆叠、氢键和反平行相互作用)在不同相互作用片段距离下进行了对称适配微扰理论(Symmetry-Adapted Perturbation Theory, SAPT)分解分析。尽管在最佳距离附近的小范围内总相互作用能没有显著变化,但在某些体系中能量贡献可发生显著变化。这在堆叠相互作用中尤为明显;而对于氢键和反平行相互作用,在最佳距离附近能量贡献没有显著变化。因此,应谨慎解释相互作用的性质,因为相互作用片段之间距离的微小改变有时可导致能量贡献的显著变化,尤其是在堆叠相互作用中。
研究背景:SAPT能量分解可超越总相互作用能本身,定量反映非共价相互作用的本质。已有研究分别考察了苯/苯、环己烷/环己烷、苯/吡啶、吡啶/吡啶、水/水OH/O、甲烷/水CH/O、水/苯OH/π及反平行OH/OH等相互作用,但不同相互作用类型在最佳距离附近发生小距离变化时,SAPT各能量组分如何改变仍需系统比较。关键问题在于:总相互作用能可能在最佳距离附近变化很小,而各能量贡献却可能显著改变,从而影响对相互作用性质的判断;这一点对堆叠相互作用可能尤为突出。因此,研究人员开展本项研究,旨在通过比较堆叠、氢键和反平行相互作用在最佳距离附近的SAPT能量组分变化,说明仅依据总相互作用能解释相互作用性质的风险。研究得出,总相互作用能在考察的小距离范围内基本稳定,但组分可显著变化;堆叠体系中静电与净色散(net dispersion,色散与交换-排斥之和)曲线可相交,表明距离微小改变即可改变稳定化贡献的平衡;氢键和反平行OH/OH相互作用中则无显著相交,性质对距离变化相对不敏感。该研究强调,能量分解结果必须结合相互作用片段几何谨慎解释,尤其对堆叠体系具有重要意义。
关键技术方法:采用SAPT2 + 3方法、def2-TZVPPD基组和PSI4程序包,在模型体系上计算总相互作用能及静电、交换-排斥、诱导和色散分量;堆叠相互作用使用平行分子在不同水平和垂直位移下建模,CH/O、OH/O和OH/π相互作用分别使用甲烷/水、水/水和苯/水二聚体并改变垂直位移,反平行OH/OH相互作用使用最稳定的水/水二聚体(平行分子平面、扭转角T=140°、a=2.1 ?、r=0.9 ?,R
0=1.35 ?)。单体几何用M?ller–Plesset二阶微扰理论(MP2)和cc-pVTZ基组优化;势能曲线计算中单体保持刚性,仅改变相互取向;势能曲线极小几何用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP优化,并对优化体系进行SAPT分解比较;文中还依据相互作用量子原子(Interacting Quantum Atoms, IQA)理论说明原子间和原子内能量变化对总能量及相互作用能的贡献。未涉及样本队列来源。
2.1 堆叠相互作用:研究人员在苯/苯、苯/吡啶、反平行吡啶/吡啶和苯/环己烷堆叠体系中,于0.0 ?、1.5 ?和5.0 ?水平位移下改变垂直位移R,计算总能量及SAPT组分。结果表明,总相互作用能在考察范围内几乎不变,但各组分可显著变化;“纯”色散组分在所有堆叠体系中始终主导,而净色散随距离增大变得更有利,并可与静电或诱导曲线相交。芳香/芳香体系中,夹心几何净色散较静电更主导,位移几何中静电更主导,吡啶/吡啶夹心因反平行偶极使静电增强而为例外;芳香/脂肪体系中,夹心几何静电主导,大水平位移时净色散可超过静电。不同体系的具体交点位置和组分比值变化进一步表明,R
0附近的小距离改变可改变主导贡献,且计算R
0与晶体结构中常见距离范围一致。
2.2 氢键与反平行相互作用:CH/O、OH/O、OH/π及反平行OH/OH相互作用:研究人员对水/水OH/O、甲烷/水CH/O、水/苯OH/π及反平行水/水OH/OH体系改变垂直位移,计算总能量和组分。与堆叠体系相似,总相互作用能在考察范围内基本不变;不同之处在于,这些体系的组分曲线基本不相交,仅OH/O体系中色散与诱导曲线几乎重合、CH/O体系中静电与色散曲线几乎重合,但未显著改变相互作用性质。OH/O中静电全范围显著主导,诱导与色散几乎重合,净色散始终排斥;CH/O中静电与色散下降较诱导更快,净色散在该区域为排斥并随垂直位移增大降至零;OH/π以色散为主并具有显著静电贡献,净色散多为排斥,在较大垂直位移时转为吸引;反平行OH/OH中静电全范围相当主导,静电曲线与色散、诱导曲线几乎平行,色散较诱导更主导,净色散始终排斥。文中以接触面积解释差异:堆叠接触面积较大,有利于色散,净色散曲线可能与静电曲线相交;氢键和反平行OH/OH接触面积较小,色散不利而静电局域且主导或与色散相当,故静电曲线在全距离范围内超过净色散。
2.3 优化体系:由于势能曲线计算中单体几何保持刚性,研究人员将SAPT分析得到的最稳定几何进行全优化,以估计弛豫误差,并比较优化体系与曲线极小体系的SAPT分解。依据IQA理论,原子间和原子内能量变化均贡献总能量及相互作用能。部分优化几何与起始几何显著不同,包括大水平位移的苯/苯和苯/环己烷体系、所有苯/吡啶和吡啶/吡啶体系以及苯/水OH/π体系;这些刚性几何并非局部极小,但常存在于晶体结构中。另一些体系优化几何与起始相似但相互作用能不同,如小偏移苯/苯、苯/环己烷(0.0 ?)及水/水OH/O,原因包括优化二聚体中环平面不理想平行或氢键长度略变。苯/环己烷平行位移(r=1.5 ?)、CH/O和反平行OH/OH体系优化后相互作用能与起始仅差0.15、0.14和0.04 kcal/mol,但能量贡献变化更显著,与势能曲线分析结论一致。
讨论与结论:SAPT分解表明,在最佳距离附近的窄范围内,总相互作用能变化很小,而各分量可显著改变,进而改变不同贡献的相对平衡。堆叠体系中静电与净色散曲线均出现交点,说明小距离变化可显著改变静电与色散稳定化之间的平衡;氢键和反平行OH/OH–水/水体系中未观察到SAPT分量曲线的显著交点,仅CH/O中静电与色散、OH/O中色散与诱导曲线几乎重合,表明这些相互作用中组分平衡对距离变化较不敏感。因此,应结合相互作用片段几何谨慎解释能量分解结果,尤其对堆叠体系。研究结论翻译:研究人员对若干代表性非共价相互作用类型进行了SAPT能量分解分析,包括堆叠相互作用(苯/苯、苯/吡啶、吡啶/吡啶和苯/环己烷)、氢键(水/水中的OH/O、甲烷/水中的CH/O和苯/水中的OH/π)以及反平行相互作用(水/水中的OH/OH)。对于每个体系,在最佳距离附近的若干分子间距离下计算了总相互作用能及其各分量(静电、交换-排斥、诱导和色散)。如预期,在最佳距离附近的相对窄距离范围内,总相互作用能变化很小。相反,各SAPT分量可表现出大得多的变化。因此,即使总相互作用能相对稳定,不同组分的相对贡献也会明显改变。该效应在某些相互作用类型中尤为明显,并可通过检查分量曲线的交点加以可视化。在此分析中,特别关注静电和净色散贡献,后者定义为吸引的色散项与排斥的交换项之和。色散和交换-排斥均为短程贡献,它们的组合为净色散稳定化提供了有用度量。在所有研究的堆叠体系中均观察到静电与净色散曲线的交点。这种行为表明,在最佳几何附近相对较小的分子间距离变化即可显著改变静电与色散贡献之间的平衡。因此,尽管总相互作用能可能仅适度变化,但负责稳定化的贡献在此短距离范围内变化很大。氢键和反平行OH/OH–水/水体系表现出明显不同的行为。在所考察距离范围内未观察到SAPT分量曲线的显著交点。唯一例外是两个曲线几乎重合的情形:CH/O体系中的静电与色散贡献,以及OH/O体系中的色散与诱导贡献。总体而言,这些结果表明,与堆叠相互作用相比,氢键和反平行OH/OH–水/水相互作用中不同相互作用组分之间的平衡对分子间距离的小变化明显较不敏感。这些发现强调,应结合相互作用片段的几何谨慎解释能量分解分析结果,尤其是堆叠体系。