简要总结
鱼鳃和皮肤黏液持续暴露于水环境中，但为微生物定殖提供了不同的生物表面。我们检测了养殖大眼鲷（L. crocea）在三个连续体尺阶段的鳃部和皮肤黏液微生物群，并纳入了来自同一供应商的供水海水作为环境参照。在最小体尺阶段，两种黏膜栖息地的群落存在明显差异，而在最大体尺阶段，群落间的区分度降低。中间阶段的皮肤黏液中含有特别多的阶段性特异性和瞬时性微生物成员，表明群落更替广泛。相比之下，后期阶段的鳃部和皮肤黏液群落中，在全数据集范围内被反复检测到的微生物类群所贡献的丰度显著增大。这些发现表明，体表黏膜微生物群经历了与生长相关的显著重组，且鳃部和皮肤黏液在鱼类生长过程中并不遵循相同的轨迹。
摘要
外表面黏膜是鱼类与水环境之间的重要界面，然而其在宿主生长过程中的微生物演替尚未得到充分阐明。本研究利用16S rRNA基因扩增子测序，对养殖大眼鲷（Larimichthys crocea）在三个连续体尺阶段（5–8 g、39–46 g、160–162 g）的鳃部和皮肤黏液微生物群进行了表征。每个阶段采样15尾鱼，将3尾鱼的样本合并为一个混合样本，每组宿主相关组共获得5个混合样本。同时纳入4个来自养殖期间始终使用的同一供应商卡车配送的海水样本作为环境参照。稀释曲线趋于饱和，扩增子序列变异体（ASV）水平的群落结构在7个组间存在显著差异（ANOSIM，R = 0.7521，p = 0.001）。早期阶段的鳃部和皮肤黏液群落在排序空间中占据明显分离的区域，且优势类群截然不同；而大规格阶段的鳃部和皮肤黏液群落分离度降低，优势分类组成相似度更高。在属水平上，2013Ark19i为早期鳃部的特征类群，Vibrio（弧菌属）和Photobacterium（发光杆菌属）在早期皮肤黏液中占优势，而Methylobacterium（甲基杆菌属）在两个大规格黏膜群落中显著增加。尽管17个门、67个科和69个属在所有组间共享，但仅30个ASV为通用共享，表明精细水平的群落更替十分广泛。数据集范围的流行度分类进一步显示，持续存在的ASV在群落丰度中所占比例随生长而递增，鳃部从21.93%升至75.48%，皮肤黏液从12.77%升至67.61%。中间阶段皮肤黏液含有1387个组特异ASV，且瞬时ASV贡献率在宿主相关组中最高，表明该阶段更替尤为广泛。总体而言，外表面黏膜微生物群呈现出组织特异性和非线性的生长相关重组，中间阶段更替显著，且后期生长过程中持续存在ASV的丰度主导性逐渐增强。
