《Life》：Serological and Molecular Epidemiology of Viral and Bacterial Pathogens in Selected Commercial Pig Farms in Greece, 2024–2026
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摘要：针对希腊养猪业，整合性的多病原、多年监测数据较为匮乏。本研究汇编了一份回顾性数据集，涵盖来自希腊本土38个商品化母猪-育肥一体化猪场的55份诊断实验室报告（2024–2026年）。研究人员对个体血清样本（n = 8272份有效酶联免疫吸附试验（ELISA
摘要：针对希腊养猪业，整合性的多病原、多年监测数据较为匮乏。本研究汇编了一份回顾性数据集，涵盖来自希腊本土38个商品化母猪-育肥一体化猪场的55份诊断实验室报告（2024–2026年）。研究人员对个体血清样本（n = 8272份有效酶联免疫吸附试验（ELISA）结果）进行了针对伪狂犬病病毒糖蛋白E（Aujeszky’s disease virus gE）、猪肺炎支原体（Mycoplasma hyopneumoniae）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪细小病毒（porcine parvovirus）、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪丹毒丝菌（Erysipelothrix rhusiopathiae）、胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae）以及猪流感A型病毒（swIAV）抗体的检测；同时，对663份混合血样采用实时逆转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR，针对PRRSV）或微滴式数字PCR（droplet digital PCR，ddPCR，针对PCV2）进行检测。研究人员采用基于农场聚类的模型评估了这些结果与采样年份、日龄/生产阶段以及地区之间的关联。PCV2（87.2%）、PRRSV（80.4%）和猪细小病毒（80.4%）的血清阳性率较高，A. pleuropneumoniae（56.0%）、M. hyopneumoniae（50.9%）和swIAV（48.2%）为中等水平，E. rhusiopathiae（34.3%）较低，而伪狂犬病gE标志物的血清阳性率极低（3.3%）。母猪常规接种PRRSV、猪细小病毒、E. rhusiopathiae、swIAV和伪狂犬病疫苗，仔猪则接种PCV2和M. hyopneumoniae疫苗；因此，针对这些病原体，血清阳性率在很大程度上反映的是疫苗接种而非自然感染。由于母猪使用的gE缺失标记疫苗不诱导抗gE抗体产生，因此较低的gE血清阳性率表明有限的野毒暴露。每种病原体的血清阳性率在不同日龄/生产阶段之间存在显著差异，而在经过小样本校正的农场聚类调整后，年份和地区效应未被确认。PRRSV核糖核酸（RNA）和PCV2脱氧核糖核酸（DNA）分别在34.6%和19.5%的混合样本中被检出；这些结果证实了被检混合样本中存在病毒核酸，但并不指示受感染动物的数量，对于PRRSV而言也无法区分野毒与疫苗病毒。该数据集为可比的商品化猪场提供了一个定量基线，而非全国代表性估计值。
希腊商品猪场多病原流行病学研究解读
一、研究背景与意义
全球养猪业在过去几十年经历了显著集约化发展，高密度养殖模式虽提升了生产效率，但也加剧了传染性病原体的引入、场内传播与地方性流行，使系统性监测成为现代猪群健康管理不可或缺的一环。这些病原体造成的经济损失巨大，例如猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）每年给欧洲生产者造成约15亿欧元损失，胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae）导致的猪胸膜肺炎也因死亡率升高和胴体废弃而带来显著经济负担。此外，猪流感A型病毒（swIAV）具有人兽共患潜力和大流行风险，猪丹毒丝菌（Erysipelothrix rhusiopathiae）是公认的职业性人兽共患病病原，而伪狂犬病（Aujeszky’s disease）则受到欧盟内部贸易认证的严格管控。尽管已有针对特定病原体的希腊国内研究，如一项覆盖1416头动物、40个农场的全国性swIAV调查，以及一项涉及约40%全国母猪存栏量的56个农场的PRRSV和PCV2分子研究，但针对希腊集约化商品猪场，整合性的多病原、多年血清学和分子监测数据此前尚属空白。为此，研究人员系统处理了大量常规诊断实验室报告，旨在估算八种病毒和细菌性猪病原体的个体及农场水平血清阳性率，描述其在三个连续采样年份的时间趋势，刻画六个标准化日龄/生产阶段的血清阳性率特征，并以分子检测方法补充PRRSV和PCV2的核酸检出情况，从而为未来希腊养猪业的监测提供一个结构化、可复用的多病原数据集和分析基线。
二、主要关键技术方法
这是一项回顾性观察性研究，数据来源于一家商业诊断实验室2024年至2026年的55份常规诊断报告，覆盖希腊本土七个行政区的38个商品化母猪-育肥一体化猪场。研究人员利用自行编写的Python文本处理管线从原始PDF报告中提取数据，并将所有年龄/胎次描述符事后统一映射到六个标准化的日龄/生产阶段（哺乳仔猪、保育猪/断奶猪、生长猪、育肥猪、后备母猪/未产母猪、经产母猪）。血清抗体检测采用多种商品化酶联免疫吸附试验（ELISA）试剂盒；PRRSV核糖核酸（RNA）检测采用实时逆转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR），PCV2脱氧核糖核酸（DNA）检测采用微滴式数字PCR（ddPCR），均以混合血样进行。统计分析方面，研究人员计算了Wilson评分法下的血清阳性率及其95%置信区间，并使用广义估计方程（GEE）评估采样年份、日龄/生产阶段和行政区划的影响，以农场作为聚类单元，采用聚类稳健标准误和Benjamini-Hochberg错误发现率（FDR）校正。
三、研究结果
3.1 各病原体总体血清阳性率：PCV2（87.2%）、PRRSV（80.4%）和猪细小病毒（80.4%）的血清阳性率最高；A. pleuropneumoniae（56.0%）、M. hyopneumoniae（50.9%）和swIAV（48.2%）为中等水平；E. rhusiopathiae（34.3%）较低；伪狂犬病gE标志物最低（3.3%）。
3.2 农场-采样事件阳性率：PCV2、猪细小病毒、M. hyopneumoniae和A. pleuropneumoniae在所有农场-采样事件中均为100%阳性（即每次采样至少有一头阳性动物）；PRRSV为95.8%，E. rhusiopathiae为96.8%，swIAV为91.7%；而伪狂犬病gE抗体仅在11.8%的事件（3个农场）中被检出。
3.3 时间趋势（2024–2026年）：未经聚类的卡方检验显示五种病原体存在显著的年度变化，但在纳入农场聚类和FDR校正后的GEE模型中，无论是分类年份效应还是线性趋势检验，均无任何病原体达到统计学显著性。猪细小病毒（FDR p = 0.106）和E. rhusiopathiae（FDR p = 0.106，比值比OR = 0.81/年）的趋势接近阈值但不显著。伪狂犬病gE因准完全分离无法拟合GEE，Firth回归显示显著的年效应，但此模型未考虑农场聚类。
3.4 按日龄/生产阶段的血清阳性率：所有七种可用GEE分析的病原体均显示出高度显著的阶段间差异（聚类校正后FDR p < 0.001）。大多数病原体的血清阳性率在生长猪中最低，在母猪中最高，这与母猪的常规疫苗接种计划相符。M. hyopneumoniae在育肥猪中的血清阳性率（78.8%）超过了经产母猪（61.6%）。额外对仔猪进行PRRSV疫苗接种的九个农场与未接种的农场相比，在≤8周龄猪中的PRRSV血清阳性率并无显著差异。
3.5 分子监测（RT-PCR/ddPCR）：PRRSV RNA在34.6%（116/335）的混合血样中检出，PCV2 DNA在19.5%（64/328）中检出。两种病毒的核酸在繁殖动物中检出率最低，在生长猪中最高，PRRSV的检出高峰出现在保育猪（62.1%）和生长猪（49.4%），PCV2的高峰则在育肥猪（47.8%）。
3.6 M. hyopneumoniae可疑结果：5.0%的测试结果为可疑（滴度30–35），将其重新归类为阳性或阴性后，血清阳性率分别为53.4%和48.4%，均在主要估计值的95%置信区间内。
3.7 估计精度与农场间异质性：农场水平的血清阳性率呈现相当大的异质性，尤其是PRRSV（范围0.0%–100.0%，中位数83.3%）。组内相关系数（ICC）从0.03（PCV2）到0.35（PRRSV）不等，对应的设计效应为2.3至14.8，证实了使用农场聚类模型的必要性。
3.8 地区分析：未经聚类的卡方检验提示六种病原体存在地区差异，但在采用偏倚校正协方差估计量的GEE模型中，没有任何病原体的地区效应保持显著。swIAV和A. pleuropneumoniae在标准稳健GEE下显著，但使用更适用于少量聚类的Mancl–DeRouen估计量后不再显著，因此被认为不具有统计稳健性。
3.9 多变量相互调整分析：在同时纳入年份、阶段和地区的多变量GEE模型中，日龄/生产阶段效应在所有分析的病原体中仍然高度显著（p < 0.001）。其他关联在使用偏倚校正估计量后均未得到确认。
四、讨论与结论总结
讨论部分指出，由于研究中多数病原体被纳入常规免疫程序，血清阳性率主要反映疫苗覆盖率，而非自然感染。直接的感染证据仅限于PRRSV和PCV2的分子检测结果，以及伪狂犬病gE ELISA（区分感染与疫苗免疫）和未接种疫苗的A. pleuropneumoniae血清学结果。PCV2和PRRSV的高血清阳性率与广泛疫苗接种一致，但分子检测仍检出病毒核酸，表明现有疫苗未能提供无菌免疫，病毒仍在循环。伪狂犬病gE的低血清阳性率及其在2026年降至0%，反映了基于gE缺失标记疫苗和DIVA检测策略的控制进展，但野猪仍是潜在再引入源。M. hyopneumoniae和swIAV的年龄相关模式需结合免疫背景解读。E. rhusiopathiae和A. pleuropneumoniae分别展示了疫苗诱导抗体与自然暴露的不同情况。时间趋势在聚类调整后消失，提示大部分表观变异源于聚类效应。研究人员强调，该数据集为非随机便利样本，代表所调查的38个农场，而非整个希腊猪群，并指出了多项局限性，包括非随机抽样、年龄分类事后统一、混合样本池大小可变且未记录、RT-PCR无法区分PRRSV野毒与疫苗毒、2026年仅覆盖上半年、缺乏个体免疫和管理数据等。
研究结论：PCV2、PRRSV和猪细小病毒的血清阳性率很高，A. pleuropneumoniae、swIAV、M. hyopneumoniae和E. rhusiopathiae为中等水平。对于接种疫苗的病原体，这些数值主要反映疫苗覆盖率，并不指示自然感染。PRRSV和PCV2的核酸分别在34.6%和19.5%的血样混合池中被检出，表明病毒核酸存在，但混合池结果不指示受感染动物数量，且对于PRRSV无法区分野毒与疫苗毒。未接种疫苗的A. pleuropneumoniae广泛存在，尤其在母猪中。伪狂犬病gE标志物的极低血清阳性率表明所调查农场的野毒暴露有限。所有病原体的血清阳性率均随日龄/生产阶段显著变化，而年份和地区效应在经小样本校正的农场聚类调整后未获确认。农场间的异质性显著，特别是PRRSV（0–100%），表明汇总估计可能掩盖高风险农场。该研究为未来干预规划和监测基准提供了定量流行病学基线，但不应视为对整个希腊猪群的代表性估计。
