综述：葡萄蛋白质组学分析策略综述：工作流程、挑战与展望

《Separations》：From Grapevine Tissues to Proteome Coverage: Analytical Workflows for Protein Extraction, Fractionation and Mass Spectrometry

　　葡萄（Vitis spp.）蛋白质组学是研究浆果发育、胁迫响应、休眠、根系适应及细胞外防御过程的重要工具。然而，由于许多葡萄组织和细胞外基质的可回收蛋白质丰度较低，且含有高水平的干扰化合物（包括多酚、多糖、糖、色素、脂质和结构聚合物），其分析仍然具有挑战性。本综述从工作流程角度出发，概述了葡萄蛋白质组学中使用的分析策略，涵盖蛋白质提取与净化、分级、酶解、质谱分析及生物信息学处理。针对葡萄主要组织和细胞外基质，讨论了基于三氯乙酸/丙酮沉淀、酚提取以及含SDS、尿素或胍的缓冲液的基质适应性方法。对基于凝胶、GeLC及无凝胶LC–MS/MS工作流、肽段分级、无标记和等量标记定量、数据非依赖采集（DIA）以及翻译后修饰（PTM）导向策略进行了批判性比较，重点讨论了这些方法对蛋白质回收率、蛋白质组覆盖度、可重复性及跨研究可比性的影响。尽管高分辨率LC–MS/MS已取得进步，但完全无凝胶的自下而上工作流的使用频率仍低于借助凝胶或蛋白质水平预分级的方法。未来的优先方向包括改进基质特异性净化、工作流程标准化、参考物质和质量控制程序，以及更透明地报告分析和生物信息学参数。