基于环境DNA宏条形码技术的印第安纳州淡水生态系统鱼类分子多样性描述性研究

《Diversity》：Environmental DNA Assessment of Fish Diversity in the White River, Shadyside Lake, and Trail Creek, Indiana

　　

摘要

环境DNA（eDNA）宏条形码技术提供了一种非侵入性的方法，用于描述淡水生态系统中与鱼类相关的分子多样性。我们对印第安纳州四个地点各采集的一份复合水样进行了分析，分别是白河上游（WR UP）、白河下游（WR DN）、Shadyside湖（SS Lake）和Trail Creek（小径溪），采用MiFish线粒体12S rRNA测序技术。在排除非鱼类归属及阳性对照后，共保留81个与鱼类相关的精确序列变体（ESVs）用于分析。观测到的ESV丰富度以WR DN最高（56），其次为WR UP（27）、SS Lake（22）和Trail Creek（5）。Shannon多样性同样以WR DN最高（H′ = 2.27），Trail Creek最低（H′ = 0.78）。白河样本之间共享21个与鱼类相关的ESVs，且各采样点之间的Bray–Curtis不相似性最低（0.204）。经处理的鱼类归属读段总数差异显著（322–23,127），限制了丰富度的直接比较，尤其是Trail Creek。这些发现提供了鱼类相关eDNA群落的描述性基线，但未能确立鱼类丰度或重复采样点水平上的生物多样性差异。