靶向深度测序联合检测嵌合性Y染色体缺失与克隆性造血点突变的新策略

《European Journal of Medical Research》：An effective method based on targeted deep sequencing to simultaneously estimate mosaic loss of Y chromosome and CHIP-related mutations

摘要

克隆性造血（CH）在老年人中很普遍，与年龄相关疾病有强烈关联。驱动基因体细胞突变和嵌合性 Y 染色体缺失（mLOY）是男性群体中 CH 的两种主要形式。虽然基于捕获的深度测序已广泛用于检测体细胞突变，液滴数字 PCR（ddPCR）用于检测 mLOY，但这些方法对低水平 mLOY 的敏感性有限，且缺乏同时评估 mLOY 和点突变的能力。在此，我们提出了一种基于靶向深度测序的新策略，以同时估算 mLOY 和 CHIP 相关突变。首先，我们利用全基因组测序和靶向测序数据验证了基于UTY和KDM5D覆盖度进行 mLOY 估算的可靠性。在一组 188 名急性主动脉综合征（AAS）男性患者中，与 ddPCR 的比较分析表明，我们的方法在检测高水平 mLOY（定义为>20%）方面表现出极高的可靠性，AUC 为 0.999（P<0.001）。联合检测 mLOY>20% 取得了最佳性能：灵敏度为 87.5%，特异性为 100%，阳性预测值为 100%，阴性预测值为 99.4%。此外，该策略已在 240 名急性冠脉综合征（ACS）男性患者的独立队列中得到验证，这增强了该方法在不同疾病环境下性能的信心。我们还探索了 mLOY 与 CHIP 相关突变之间的关联。结果显示出一个显著趋势：mLOY 频率较高的个体更有可能携带 CHIP 突变。值得注意的是，当用我们的方法检测时，CHIP 突变和 mLOY 的共现更为明显，这突出了靶向深度测序更适合剖析衰老过程中基因组不稳定性的复杂相互作用。总的来说，这种具有成本效益的策略能够同时检测 mLOY 和 CHIP 突变，为年龄相关疾病研究中调查 CH 提供了强大的工具。