伊朗近亲家庭围产期低磷酸酯酶症中ALPL基因新型纯合剪接位点变异的鉴定

《BMC Medical Genomics》：A novel homozygous splice-site mutation in ALPL (c.863–2 A?>?G) causes severe perinatal hypophosphatasia in an Iranian family

　　

摘要

背景

低磷酸酯酶症（HPP；OMIM：241500）是一种罕见的骨和矿物质代谢遗传性紊乱疾病，由ALPL基因突变引起，该基因编码组织非特异性碱性磷酸酶（TNSALP）。其临床谱型变异极大，婴儿型往往病情严重甚至致死。本研究旨在鉴定一个伊朗近亲家庭中止胎出现严重骨骼异常的潜在遗传病因，该家庭有类似的不利妊娠结局史。

方法

对从中止胎儿组织中提取的基因组DNA进行全外显子组测序（WES）。采用聚合酶链式反应（PCR）和Sanger测序对胎儿中的候选变异进行验证，并在父母中进行分离分析。使用一套综合的计算机模拟工具——分为剪接影响预测（SpliceAI、Human Splicing Finder）、一般有害性分析（DANN、GenoCanyon）和进化保守性分析（PhyloP、PhastCons）三类——来预测该变异对剪接和蛋白质功能的影响。

结果

WES在ALPL基因中鉴定出一个新的纯合变异：NM_000478.6:c.863–2 A>G。该变异位于内含子8的经典受体剪接位点。Sanger测序确认了胎儿的纯合状态以及双方近亲父母的杂合携带状态。该变异在主要人群数据库（包括gnomAD和Iranome数据库）中均未检出。计算机模拟分析预测该变异会破坏经典剪接位点，可能导致外显子9的跳跃。根据ACMG/AMP指南，该变异被分类为"可能致病"。

结论

我们报告了ALPL基因中一个新的纯合剪接位点突变c.863–2 A>G，是该家庭中严重围产期HPP的确切病因。这一发现扩展了ALPL的突变谱，并强调了该特定剪接位点对正确TNSALP合成的重要性。该变异的鉴定为该家庭未来妊娠的准确遗传咨询和产前诊断提供了便利。