中国动物市场病毒多样性与跨宿主病毒共享的宏转录组学研究

《Microbiome》：Animal markets are associated with elevated viral diversity and virus–host connectivity across wildlife–farm interfaces

摘要

背景

动物市场是野生动物、养殖动物和人类之间的重要交汇界面，但其在塑造病毒多样性、群落结构及跨宿主病毒共享方面所扮演的角色仍未被充分认识。

结果

我们对在中国广东省野生动物、农场和市场相关环境中收集的279份样本进行了宏转录组学分析，其中动物来源样本涵盖15个宿主目。我们鉴定出106条脊椎动物相关病毒谱系，代表259个病毒株，其中包括19种推测为新病毒的病毒，涵盖13条推测的新病毒谱系。不同生态设置中的病毒多样性和病毒群落组成存在显著差异，市场相关样本通常表现出比野生和农场样本更高的病毒丰富度以及独特的病毒组结构。在市场相关样本中观察到更高的病毒丰富度，在针对混合采样、宿主组成和不等采样努力等问题的敏感性分析中依然显著。病毒共享现象在野生动物、农场和市场相关环境中均有观察到，其中市场相关宿主群表现出尤为广泛的病毒-宿主连接性。网络分析进一步表明市场相关环境中的病毒连接性更强，宿主群表现出更高的度和介数中心性以及更广泛的病毒-宿主关联。此外，代表13条病毒谱系的38个病毒序列具有已记载的致病相关性，依据是其在人类或其他脊椎动物宿主中报告的相关疾病。人兽共患相关性在不同病毒谱系之间存在差异，并取决于谱系特异性、亚型特异性或基因型特异性证据，这凸显了区分疾病相关病毒与已证实具有人兽共患潜力的病毒的重要性。

结论

动物市场与更高的病毒多样性、独特的病毒群落组成以及更广泛的病毒共享和连接模式相关，支持了其作为连接野生动物和养殖系统的生态界面的角色。然而，共同的检测结果并不能确定病毒传播的方向或频率，时间异质性仍是一个重要的考量因素。这些发现凸显了在野生动物贸易和农业系统中开展整合性"同一健康"监测的价值，同时对具有潜在人类健康相关性的病毒进行谱系特异性评估。

视频摘要