综合调控网络构建揭示类风湿关节炎中的lncRNA-miRNA-mRNA-TF相互作用及关键分子驱动因子

《Mammalian Genome》：Comprehensive regulatory network construction highlights lncRNA-miRNA-mRNA-TF interactions and key molecular drivers in rheumatoid arthritis

类风湿关节炎（RA）是一种以持续性炎症和进行性关节损伤为特征的慢性自身免疫性疾病。尽管已报道了众多分子贡献因素，但连接编码与非编码转录本的整合调控架构仍未完全明确。本研究旨在构建一个多层长链非编码RNA（lncRNA）-微小RNA（miRNA）-信使RNA（mRNA）-转录因子（TF）网络，以优先筛选与RA相关的候选调控因子。研究从NCBI序列读段档案库（SRA）获取了公开的RA及对照样本的RNA测序数据集，并使用DESeq2进行差异表达分析。高置信度的miRNA-mRNA相互作用数据来自miRDip数据库，miRNA与lncRNA的关联数据来自miRNet数据库，转录因子注释来自AnimalTFDB数据库。随后进行了功能富集分析，以识别显著富集的生物学主题。利用Cytoscape中的CytoHubba和MCODE插件评估了网络拓扑结构和模块结构。整合互作数据集后，共鉴定出179个受93个miRNA靶向的mRNA，其中90个miRNA与404个已注释的lncRNA相连。25个转录因子被纳入调控框架中。基于节点度值的分析突显出QKI、hsa-miR-497-5p和KCNQ1OT1分别为各自类别中连接度最高的节点。模块检测发现了五个高度互联的子网络，提示存在协调的调控组织方式。多个优先筛选的要素此前已被证实参与免疫或炎症调控，进一步支持了该网络的生物学相关性。这项整合分析描绘了RA全面而系统的调控图谱，并为未来实验验证提供了一组按优先级排列的候选分子。其中，CCDC6被鉴定为一个下调基因，位于高度连接的模块内，并与多个枢纽miRNA和lncRNA相关联，提示其在RA病理生物学中可能具有重要的功能意义。