巴西帕拉州亚马逊地区Amblyomma dissimile Koch, 1844（Acari: Ixodidae）RNA病毒组的检测与特征分析及进化推断：Dissimile tick rhabdovirus的发现与Granville quaranjavirus的巴西首次记录

《Archives of Virology》：Detection, characterization, and evolutionary inferences regarding a novel virus identified in Amblyomma dissimile Koch, 1844 (Acari: Ixodidae) from the Amazon, Pará, Brazil

　　

蜱是医学和兽医重要感染因子的主要媒介之一，在向人类传播病原体的数量上仅次于蚊。这些节肢动物能够传播包括原虫、细菌和病毒在内的广泛微生物。蜱传病毒中，与病毒性脑炎相关的病毒尤为值得注意，其可在人类中引起严重的急性和慢性神经系统感染。本研究旨在利用RNA宏基因组测序（RNA metagenomic sequencing）方法，对从巴西帕拉州Ananindeua市获救的一条Boa constrictor体表采集的Amblyomma dissimile标本的RNA病毒组（RNA virome）进行表征。共鉴定出11条病毒序列，分布于5个科：Chuviridae（n = 2）、弹状病毒科（Rhabdoviridae，n = 2）、正黏病毒科（Orthomyxoviridae，n = 5）、Nodaviridae（n = 1）和Orthototiviridae（n = 1）。关键发现是鉴定出Dissimile tick rhabdovirus，其为Rhabdoviridae科潜在新成员，本文首次描述，科学文献中此前无记录。此外，首次在巴西检测到Granville quaranjavirus片段，扩展了该病毒已知地理分布。这些结果突显参考数据库中与巴西蜱相关的病毒多样性代表性不足，强调需要扩大该国宏基因组监测和病毒学表征工作，尤其考虑到气候变化对蜱分布和病毒循环动态的潜在影响。

蜱是医学和兽医重要感染因子的主要媒介之一，其传播病原体数量仅次于蚊。蜱可携带原虫、细菌和病毒；蜱传病毒中的病毒性脑炎相关病原可在人引起严重急性和慢性神经系统感染。近年来宏基因组研究在硬蜱科（Ixodidae）和软蜱科（Argasidae）中发现大量未分类病毒，显示蜱病毒组仍被低估。巴西、尤其巴西亚马逊地区关于Amblyomma蜱病毒组的研究稀少；气候变化可能改变蜱分布、丰度和种群动态，进而影响病毒循环与新发风险。Amblyomma dissimile主要寄生于两栖类和爬行类，偶见犬、牛和人，其病毒组研究有限。因此，研究人员对从巴西帕拉州Ananindeua市获救的Boa constrictor体表采集的单个A. dissimile标本开展RNA宏基因组测序，以表征其RNA病毒组，识别新病毒并讨论进化关系。研究鉴定出11条病毒序列，分属5个科，并发现Dissimile tick rhabdovirus为Rhabdoviridae潜在新成员、Granville quaranjavirus首次在巴西检出；结果提示巴西蜱相关病毒多样性在参考数据库中代表性不足，需加强宏基因组监测和病毒学表征。

关键技术方法（不超过250字）：研究人员对采自巴西帕拉州Ananindeua市CENP附近获救Boa constrictor体表的单个A. dissimile标本（经形态学及COXI和13个PCGs分子鉴定，GenBank PZ569664）进行表面去污、总RNA提取、双链cDNA合成和Nextera XT文库构建，在NextSeq 500平台双端测序。生物信息学采用Fastp质控、SortMeRNA去除rRNA、MEGAHIT从头组装，DIAMOND/BlastX检索NCBI nr和RefSeq，MEGAN确认；Geneious Prime检查开放阅读框（ORF），InterPro注释功能结构域。按国际病毒分类委员会（ICTV）建议提取信息基因，与ICTV数据库及GenBank近缘序列比对，IQ-TREE按赤池信息量准则（AIC）选择最佳替换模型，最大似然法建树，1,000次重复和超快自举（UFB）评估支持，FigTree可视化。

结果总述：标本经COXI分子标记及13个蛋白编码基因确认；高通量测序产生约38 million reads，其中约33 million用于基因组组装，12.6%为病毒reads。共鉴定11条病毒序列，分属5个科。

病毒科（Viral Families）：通过高通量测序和分类注释，鉴定出Chuviridae（n = 2）、Rhabdoviridae（n = 2）、Orthomyxoviridae（n = 5）、Nodaviridae（n = 1）和Orthototiviridae（n = 1）的病毒序列。

Chuviridae：检测到Dissimile tick chuvirus 1 PZ674156（DTCV1）和Dissimile tick chuvirus 2 PZ674157（DTCV2），BlastX分别与Nanning Chuvi tick virus 2（ON746385）和Mivirus changpingense（NC028260）核蛋白相关；CDS未见结构域特征，核苷酸和氨基酸一致性高度分化；系统发育显示二者位于Mivirus分支，UFB > 92%。结论为Mivirus相关但高度分化谱系。

Rhabdoviridae：检测到完整ORF病毒PZ674158，长11,665 bp，含L、G、M、P、N五个基因区，L、G、N具保守功能域；全基因组与Alpharicinrhavirus blanchseco（NC076415）一致性84.90%，L基因氨基酸/核苷酸一致性84.5%/72.6%；系统发育与Alpharicinrhavirus和Alphanemrhavirus分支，与BCOV形成UFB = 100%亚支。另检测1,395 bp序列，与BCOV核蛋白氨基酸一致性75.9%，含Rhabdoviridae核衣壳保守域。结论为Dissimile tick rhabdovirus系潜在新病毒。

Orthomyxoviridae：检测5条序列，BlastX关联Granville quaranjavirus的PB1、PB2、PA、HA、NP；PB1含RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）保守域，与GQV（MZ502305）氨基酸/核苷酸一致性98.3%/92.7%；系统发育支持强，与GQV形成UFB = 100%亚支，其他基因结果类似。结论为GQV片段首次在巴西检出。

Nodaviridae：检测2,671 bp序列PZ674165，BlastX与Lone star tick nodavirus（KX774634）聚合酶一致性98.85%；部分ORF含Nodaviridae RdRp保守域；氨基酸/核苷酸一致性94.7%/91.1%；系统发育与KX774634以UFB = 100%聚类。结论为LSTN在巴西首次报告。

Orthototiviridae：检测359 bp序列PZ674166，BlastX归入Orthototiviridae；部分ORF含RdRp保守域；与Orthototiviridae sp.（ON812683）氨基酸/核苷酸一致性90.2%/77%；系统发育信号低于80%，分辨率较低，但树中与ON812683形成UFB = 100%亚支。结论为检出Orthototi-like virus 1。

讨论总结：蜱媒病毒感染在美洲报告不均，中南美可能被低估；RNA病毒聚合酶低保真度导致高突变。Chuviridae的Mivirus主要与硬蜱相关，致病性未知且无分离报告；本研究中两序列高度分化，缺保守域可能反映数据库对节肢动物病毒代表性有限，不能否定功能。Rhabdoviridae有62属，Alpharhabdovirinae感染脊椎和无脊椎动物；BCOV首次在特立尼达和多巴哥Amblyomma ovale发现并分离，列为潜在人兽共患风险；本研究病毒与BCOV低一致性，支持潜在新病毒。Orthomyxoviridae中Quaranjavirus和Thogotovirus为蜱传虫媒病毒（arboviruses）；GQV致病性未知，原分布限于特立尼达和多巴哥，本研究扩展至巴西。Nodaviridae包括Alphanodavirus和Betanodavirus，感染鱼、昆虫等；LSTN-1首次在Amblyomma americanum发现，为蜱中首个Nodaviridae成员；本研究首次在巴西检出。Orthototiviridae由Totivirus重新分类，toti-like病毒在蜱中多由高通量测序（HTS）发现，对脊椎动物致病潜力无证据。HTS挑战是确定真正宿主；检测序列可能来自蜱、共生微生物、寄生虫或血餐残留。昆虫特异性病毒（ISV）模型说明宿主特异性需实验证据；蛛形纲特异性病毒（ASV）仅理论可能，不能仅凭单标本检测归类。单标本n = 1限制外推，但保留标本-病毒直接关联，尤其Amblyomma近缘种和复合群。未来需更大数量、不同种群、宿主和地点研究。

研究结论翻译：本研究首次对亚马逊、尤其巴西亚马逊地区Amblyomma dissimile相关RNA病毒组进行了综合性表征。关键发现包括鉴定Dissimile tick rhabdovirus，其为Rhabdoviridae科潜在新成员，本文首次描述，科学文献中此前无记录。此外，首次在巴西检测到Granville quaranjavirus片段，扩展了该病毒已知地理分布。还鉴定到未分类病毒的多种片段，突显该蜱种相关高病毒多样性。系统发育分析显示拓扑一致且分支支持强，证实所鉴定病毒的进化位置，并提示存在仍表征不足的病毒谱系。总体而言，这些结果突显参考数据库中与巴西蜱相关的病毒多样性代表性不足，强调需要扩大该国宏基因组监测和病毒学表征工作，尤其考虑到气候变化对蜱分布和病毒循环动态的潜在影响。鉴于大多数蜱相关病毒致病性未知，未来研究应优先调查其宿主特异性、传播能力、生物学、媒介胜任力（vector competence）和致病潜力。推进此知识对于理解新发蜱媒病毒风险以及为人类、动物和环境健康重要传染病的基因组监测、预防和控制策略提供信息至关重要。