《British Journal of Haematology》：Whole-genome and transcriptome analysis in relapsed/refractory non-Hodgkin lymphoma: Results from a multicentre precision oncology cohort
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综合基因组与转录组分析可指导复发/难治（R/R）实体恶性肿瘤的诊断、预后和管理，然而尽管具有强有力的生物学依据，其融入临床诊疗仍显滞后。研究人员评估了全基因组与转录组分析（WGTA）在65例（37例儿童、14例青少年和年轻成人（AYA）、14例成人）R/R非霍
综合基因组与转录组分析可指导复发/难治（R/R）实体恶性肿瘤的诊断、预后和管理，然而尽管具有强有力的生物学依据，其融入临床诊疗仍显滞后。研究人员评估了全基因组与转录组分析（WGTA）在65例（37例儿童、14例青少年和年轻成人（AYA）、14例成人）R/R非霍奇金淋巴瘤（NHL）患者中的临床效用，这些患者入组加拿大精准肿瘤学项目（Personalized Oncogenomics（POG）、Precision Oncology for Young People（PROFYLE）、Personalized Targeted Therapy in Refractory or Relapsed Cancer in Childhood（TRICEPS）、SickKids' Cancer Sequencing（KiCS））。WGTA在89%的患者中提供了临床潜在有用的发现，包括治疗选择、诊断澄清、耐药预测、微小残留病灶（MRD）标志物识别和胚系癌症易感性发现。结果改变了15%患者的管理。实施障碍包括临床状况恶化、标准治疗的可及性降低了序列指导治疗的需求以及靶向药物可及性有限。基于转录组的聚类划分出五个生物学上不同的亚组，独立于年龄或组织学亚型，并具有汇聚的致癌通路。突变特征分析识别出与既往细胞毒性治疗相关基因组损伤一致的超突变模式。研究人员的发现支持将WGTA整合到R/R淋巴瘤患者的诊疗中，并识别出序列指导治疗的机会，但药物可及性、系统性障碍和检测时机延迟目前限制了精准肿瘤学在淋系恶性肿瘤中的临床采纳和潜力。
精准肿瘤学中整合二代测序（NGS）技术正日益影响肿瘤临床诊疗，综合基因组分析可用于诊断、预后、治疗选择、微小残留病灶（MRD）监测及胚系癌症易感变异识别。在实体瘤中，全基因组与转录组分析（WGTA）已显示明确临床效用，多数受检患者可发现可操作结果，且匹配治疗可改善结局；但在淋巴系统恶性肿瘤中，综合基因组分析仍使用不足，靶向panel检测或荧光原位杂交（FISH）仍是主要分子工具，导致相当比例潜在可操作生物学未被刻画。既往研究已显示WGTA在成人和儿童癌症中的临床效用，但专门针对淋巴系统恶性肿瘤的WGTA仍缺乏。鉴于WGTA可及性增加及综合分析可发现基因panel之外临床相关结果，研究人员需要界定WGTA在淋巴系统恶性肿瘤中的作用。Wee等开展加拿大多中心精准肿瘤学队列研究，纳入65例复发/难治（R/R）非霍奇金淋巴瘤（NHL）/淋系白血病患者（37例儿童、14例青少年和年轻成人（AYA）、14例成人），来自成人Personalized Oncogenomics（POG）、Precision Oncology for Young People（PROFYLE）所含儿科POG、Personalized Targeted Therapy in Refractory or Relapsed Cancer in Childhood（TRICEPS）及SickKids' Cancer Sequencing（KiCS）项目。主要目标是量化测序结果影响临床任何方面的频率，即可操作靶点，并分类为可操作药物靶点、标准治疗耐药预测、诊断澄清或重分类、MRD监测变异及致病/可能致病胚系变异。研究结论显示，WGTA在89%患者中具有临床潜在有用发现，15%患者管理发生改变；基于转录组聚类识别五个生物学不同亚组；突变特征分析显示与既往细胞毒性治疗相关超突变模式。该研究支持将WGTA整合入R/R淋巴瘤诊疗，同时指出药物可及性、系统性障碍和检测时机延迟限制临床 uptake 与精准肿瘤学潜力。
关键技术方法：该研究为多中心观察性精准肿瘤学队列分析，纳入任何年龄R/R霍奇金或NHL、R/R急性淋巴细胞白血病（ALL）且有WGTA数据和相关临床数据者，按儿童、AYA和成人分层；样本来自加拿大POG、PROFYLE、TRICEPS和KiCS项目。肿瘤样本于入组后经临床指征手术或微创研究活检采集，成人新鲜活检置于最佳切割温度（OCT）包埋，儿童使用新鲜冷冻肿瘤，KiCS在无新鲜冷冻样本时接受福尔马林固定石蜡包埋样本；配对外周血或骨髓受累/既往异基因骨髓移植者皮肤活检行全基因组测序（WGS）作为胚系参考。肿瘤DNA和RNA行WGTA；标准临床检测包括常规核型、有限FISH panel和逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）；病例经分子肿瘤委员会讨论，数据集中汇总分析；并采用转录组聚类、突变特征、表达分析及巢式RT-PCR MRD检测，收集人口学、病理、治疗、最佳反应和结局。
结果如下。
队列概况（Cohort overview）：通过多中心队列汇总识别65例患者，儿童37例（57%，中位年龄7岁，范围1–14），AYA 14例（21.5%，中位18.5岁，范围15–27），成人14例（21.5%，中位63岁，范围41–76）；儿童和AYA最常见为B细胞急性淋巴细胞白血病/淋巴母细胞淋巴瘤，成人最常见为弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）。所有患者至少接受过一线治疗，既往治疗中位2线（范围1–8）。共68份样本测序，1份因肿瘤含量低未测序，3例儿童在不同时间点有两次活检测序。
WGTA与标准诊断检测的一致性（Concordance of WGTA with standard diagnostic testing）：通过比较WGTA与入组时标准临床检测（常规核型、有限FISH panel和RT-PCR）发现，25例存在融合者中11例为已知并经WGTA确认，12例由WGTA发现新融合，其中4例影响诊断和预后。LM66复发样本发现P2RY8::CRLF2融合，使诊断由B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）重分类为费城染色体样急性淋巴细胞白血病（Ph-like ALL）；LM9见IGH::BCL6、LM24见CIITA::BCL6启动子融合，LM67见TCRB::NOTCH1融合；LM52常规检测和WGTA均见超二倍体，WGTA另发现CREBBP:p.R1446C突变和URAD::FLT3融合。通过比较原诊断样本与复发样本还发现不一致：LM44复发样本经WGTA发现MLLT10::PICALM、KMT2E::ASNS两个新融合及PHF6突变，原诊断样本未发现；LM66除P2RY8::CRLF2外还见原诊断样本未见的JAK2突变。
WGTA增强治疗敏感性和/或耐药相关改变识别（WGTA enhances identification of alterations suggestive of treatment sensitivity and/or resistance）：通过分析成人POG队列14例（≥40岁），1例以澄清诊断为目的入组，其余13例均发现可操作靶点，中位3个潜在可操作改变（范围1–7）；2例见既往与治疗耐药相关改变；13例中3例（23%）最终接受序列指导治疗，2例进展、1例稳定。儿童和AYA队列51例中仅1例测序失败，50例有测序数据者中位2个可操作靶点（范围0–8）；4例发现对标准治疗潜在耐药，1例诊断澄清，7例ALL发现可能用于MRD监测的基因组变异；50例中6例（12%）接受序列指导治疗，3例进展，2例桥接异基因造血干细胞移植（HSCT），1例无疾病反应数据。
转录组数据在临床诊疗中的效用（Utility of transcriptome data in clinical care）：通过将转录组用于融合检测及评估致癌突变表达和致癌通路异常激活，RNA在TRICEPS中支持单核苷酸变异（SNV）和拷贝数改变（CNA）发现而识别2个潜在治疗靶点；在POG中作为唯一基因组改变时增加45个潜在治疗靶点，使潜在治疗选择数量增加45%。6项基于表达提出的治疗随后被采用，2例获临床获益：LM17 CD37 mRNA高表达使患者入组抗CD37靶向药物，最佳反应为稳定；LM24多个检查点分子mRNA高表达使患者使用免疫检查点抑制剂（ICI），并作为异基因移植桥接治疗。
WGTA增强MRD监测敏感性并实现早期干预（WGTA enhances sensitivity of MRD monitoring and enables early intervention）：通过利用WGTA发现融合开发个性化巢式RT-PCR MRD检测，其敏感性高于流式MRD。LM66的P2RY8::CRLF2融合被用于建立定性巢式RT-PCR；HSCT后标准骨髓监测中流式MRD阴性，但RT-PCR检测P2RY8::CRLF2融合确认HSCT后8个月分子复发，促使早期免疫调节干预以供者淋巴细胞输注（DLI），之后分子MRD阴性，LM66分子缓解持续4年以上。
利用WGTA识别胚系发现（Identification of germline findings using WGTA）：通过匹配胚系测序数据识别可能致病/致病SNV，队列中发现3个已知增加癌症风险的致病/可能致病变异，且均于入组前未知；CDKN2A、CHEK2和RAD51B的致病/可能致病变异返回2例患者及其家庭，BC入组测序项目者转诊遗传性癌症项目进一步随访和临床验证。
WGTA提示既往系统治疗影响及B细胞与T细胞恶性肿瘤相似性（WGTA indicates impacts of prior systemic therapies and similarities between B- and T-cell malignancies）：通过对BC的POG、儿科POG和PROFYLE患者中25例（26份样本）有WGTA数据者分析，中位肿瘤突变负荷（TMB）为4.7个突变/兆碱基（mut/Mb，范围1.6–48.9），KMT2D、STAT6和TNFRSF14显著突变；CDKN2A/B在不同淋系恶性肿瘤类型中反复共缺失；癌基因扩增少见，仅LM20见BCL2扩增。转录组层次聚类和基因集富集分析与共同细胞起源及关键致癌通路一致，无论B或T细胞谱系。突变特征分析显示，与IG超突变相关特征见于多数B细胞恶性肿瘤（14/25）和1例T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）；与既往硫嘌呤治疗或复发ALL相关特征亦见于B-ALL和T-ALL；3例未接受硫嘌呤但接受CHOP为基础治疗者亦见这些特征显著贡献，包括外周T细胞淋巴瘤（PTCL）（LM19、LM2）和原发性纵隔大B细胞淋巴瘤（PMBCL）（LM24）。
讨论部分总结：该研究为加拿大最大规模R/R NHL/淋系白血病WGTA后临床结局分析，纳入多为高度难治性淋系恶性肿瘤。WGTA在NHL临床诊疗中有多重用途；标准临床检测与WGTA不一致最常见于诊断样本与复发样本比较，可能反映肿瘤演化，或标准检测无法发现新融合伴侣。除指导序列治疗外，WGTA还可识别MRD监测分子靶点、澄清诊断、识别/预测标准治疗潜在耐药及识别已知增加癌症风险的致病/可能致病胚系变异，这种广度无法由靶向基因panel检测复制。WGTA在89%患者中被判定潜在可操作，但仅15%最终接受序列指导治疗，主要因测序前已开始标准治疗且反应良好、药物可及障碍或患者状况恶化；类似挑战提示WGTA应在首次复发时或接近首次复发时进行，而非作为最后手段。研究在儿童和AYA亚组发现3例既往未识别致病/可能致病胚系易感变异（4.6%），低于既往未选择家族中7%–18%的报告范围，但与血液恶性肿瘤胚系易感基因1.6%–4.7%报告范围一致，支持在知情同意下常规纳入胚系检测，尤其儿童和AYA。整合全转录组数据可提供SNV和CNA影响关键癌基因/抑癌基因表达的信息以支持靶向可成药改变，识别额外潜在治疗靶点，扩大个体化选择；考虑表达数据增加45%潜在治疗靶点并在2例POG患者带来临床获益；转录组还可识别具预后和治疗意义的淋巴瘤亚型。聚类结果显示B和T细胞恶性肿瘤共享关键转录组谱，可能反映相似驱动突变和激活通路，提示治疗药物重定位；Cluster E中JAK/STAT和NFkB通路基因改变在T和B细胞恶性肿瘤均占优。WGTA增强对淋系恶性肿瘤演化分类的理解并探索系统治疗对肿瘤生物学影响；聚类支持淋巴瘤不按年龄聚类，而按 underlying driver mutations 聚类。既往CLL和DLBCL大规模基因组研究也显示WGS指导亚组具独特预后和治疗意义。硫嘌呤相关突变特征见于硫嘌呤治疗后的R/R B-ALL和T-ALL，CHOP治疗的非ALL患者（PTCL和PMBCL）亦见类似贡献，提示这些系统治疗可以相似方式影响进展/复发时突变景观。局限性包括样本量中等、罕见淋巴瘤病例少、各项目测序方案、生物信息学工具和基因组变异解释差异可能引入变异性。尽管如此，研究显示WGTA可描述晚期B和T细胞NHL分子特征并支持临床决策。研究结论（译）：尽管基因组数据为个体化癌症治疗提供了机会，真实世界应用仍受患者、系统和后勤障碍限制；研究人员的发现支持将测序技术整合到淋系恶性肿瘤患者的诊疗路径中。
