德克萨斯州与波多黎各高危西班牙裔女性宫颈微生物组横断面研究

《Scientific Reports》：The cervical microbiome in hispanic populations in Texas and Puerto Rico with and without cervical dysplasia

　　

摘要

在美国，西班牙裔女性，尤其是波多黎各的女性，面临宫颈癌发病率高企的情况。本横断面研究的目的是探讨在德克萨斯州和波多黎各接受治疗的高危人乳头瘤病毒（HPV）诱发宫颈上皮内瘤变风险西班牙裔女性，或已患有宫颈上皮内瘤变的西班牙裔女性的宫颈微生物群。在妇科检查期间，从 296 名参与者中收集了宫颈拭子样本（N = 80 德克萨斯州非西班牙裔白人，N = 98 德克萨斯州西班牙裔，N = 118 波多黎各西班牙裔）。从拭子样本中提取 DNA，并使用 MiSeq 对 16S rRNA V4 高变区进行扩增和测序，以进行微生物组分析。使用基于宫颈阴道特异性数据库训练的自定义分类器确定分类物种分类。使用 QIIME2 和 microeco R 包计算 Alpha 和 Beta 多样性。参与者的疾病状态根据宫颈表型进行分类，如有可用，则在样本采集后 30 天内使用细胞学或组织病理学进行分类。高危正常定义为所有因既往细胞学异常或 HPV 阳性病史而就诊于阴道镜门诊，但目前无上皮内瘤变的患者。被归类为上皮内瘤变的患者患有低级别或高级别病变。使用 HPV 基因分型将 HPV 类型分组为 HPV 16、其他高危 HPV 类型和其他。在参与者中，71%（N = 211）被归类为高危正常，29%（N = 85）患有宫颈上皮内瘤变。检测到 HPV 16 的比例为 15%（N = 45），其他高危 HPV 类型为 33%（N = 98），而 52%（N = 152）的患者被归类为“其他”。跨地点的微生物群落结构比较分析显示组成存在差异，德克萨斯州西班牙裔女性在两项 Alpha 多样性指标（Pielou 均匀度和 Shannon 多样性指数）上表现出更高的 Alpha 多样性。菌群状态类型（CSTs）的患病率因地点和疾病状态而异，CST III 和 IV-B 是研究队列中最常见的类型之一。总体而言，这项描述性研究加深了对多个地理区域西班牙裔女性宫颈微生物组的理解，以指导未来的干预措施。