简要总结
从家禽中采集的细菌对多种抗生素的反应似乎相似。这种模式可能反映了共同的抗性机制，但也可能是由于来自不同地点和身体部位的样本被混合在一起造成的。我们在匈牙利中多瑙河地区的商业鸡群中检测了210株细菌分离株，以探究这一差异。我们比较了在考虑采样地点和样本类型之前和之后所需的抗生素浓度，以抑制细菌生长。经过这种调整后，一些显著的关系减弱了。在肠球菌中，仍有六种关系在统计学上得到支持，尽管其强度较低，只有两种关系通过了更严格的多重检验。作为单独的数据质量评估，我们还研究了20株被记录为大肠杆菌的细菌的基因组组装。这些基因组的质量差异很大，有些序列结果与实验室记录的测量结果不符。这些结果表明，在对抗微生物耐药性的监测中，必须同时关注样本来源和数据质量，特别是在将家禽来源的发现与食物链、人类和环境证据进行综合分析时。这些发现指出了需要进一步验证的测量结果和关系；它们并不提供治疗建议，也不对该地区所有家禽农场的耐药性进行估计。
摘要
背景： 家禽中的抗微生物耐药性（AMR）与“同一健康”（One Health）问题密切相关，因为耐药细菌及其耐药性决定因素可能导致食源性传播、职业暴露和环境扩散，而监测信号也可能受到采样背景的影响。方法： 我们研究了来自匈牙利中多瑙河地区的210株与家禽相关的细菌分离株：68株大肠杆菌、101株葡萄球菌。六种抗菌剂的比较结果支持了45组组内成对比较。使用9999次排列和Benjamini–Hochberg调整方法，将Spearman系数的汇总值与按地点和样本类型分层的MIC等级相关性进行了比较。结果： 17组汇总关联的结果满足q < 0.05的标准；其中六组关联在肠球菌中仍然显著（ρ = 0.264–0.360），另外两组还通过了Holm校正。葡萄球菌对多西环素和氟苯尼考的敏感性系数从0.551降至0.017。作为次要的数据质量评估，我们审核了20株
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