《Human Pathology》：BAP1 Loss and TFE3 Immunoexpression in High-Grade Clear Cell Renal Cell Carcinoma
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摘要研究目的在不具备TFE3重排的常规透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中会出现天然核TFE3表达。由于BAP1缺失与mTORC1激活及代谢应激相关，而这些因素可促进MiT/TFE核转位，我们调查了BAP1缺失是否与高级别ccRCC中的天然TFE3表达相关。方法与结果我们组建了一
摘要
研究目的
在不具备TFE3重排的常规透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中会出现天然核TFE3表达。由于BAP1缺失与mTORC1激活及代谢应激相关，而这些因素可促进MiT/TFE核转位，我们调查了BAP1缺失是否与高级别ccRCC中的天然TFE3表达相关。
方法与结果
我们组建了一个回顾性、多机构队列，纳入来自四个中心的350例高级别（WHO/ISUP分级3-4级）ccRCC，并通过组织微阵列进行中央BAP1、TFE3和GPNMB免疫组化检测。预先指定的主要终点为BAP1缺失与TFE3表达的关联性，采用中心分层Cochran-Mantel-Haenszel分析进行检验。350例中有84例（24.0%）存在BAP1缺失，43例（12.3%）核TFE3阳性，21例（6.0%）GPNMB阳性。TFE3阳性在BAP1缺失肿瘤中富集（22.6% vs 9.0%；共同比值比3.80，95%CI 1.88-7.68，p = 0.0001），在各队列中表现一致（Breslow-Day p = 0.13），多变量分析显示BAP1缺失仍是TFE3表达的唯一独立预测因子（校正后OR 3.00，p = 0.001）。在43例TFE3阳性肿瘤中，40例（93%）GPNMB缺失；在19例BAP1缺失/TFE3阳性肿瘤中，18例GPNMB缺失。
结论
天然TFE3表达在BAP1缺失的高级别ccRCC中显著且独立富集，但不伴随GPNMB表达，从而将其与重排RCC区分开来。识别这一模式并使用GPNMB作为鉴别标志，可避免将常规的、常伴BAP1缺失的ccRCC误分类为Xp11重排RCC。
引言
透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾细胞癌中最常见的组织学亚型[1]。虽然3p染色体上von Hippel-Lindau（VHL）抑癌基因失活几乎是普遍的起始事件[2, 3]，但ccRCC的临床和生物学异质性主要由3p21位点染色质修饰基因的二级改变所驱动，尤其是BRCA1相关蛋白1（BAP1）、PBRM1和SETD2[4, 5, 6, 7]。由于BAP1基因失活突变导致BAP1蛋白表达缺失，定义了一个独特亚群，其特征包括更高的核分级[4]、肉瘤样/横纹肌样分化[8, 9]、肿瘤坏死[9]、mTORC1激活[4, 9]、炎症性肿瘤微环境[10]，以及癌症特异性和总生存期显著缩短[9, 11]。BAP1基因编码一种具有广泛调控作用的核去泛素化酶，包括泛素介导的宿主细胞因子1（HCF1）调控[12]、对抗多梳抑制复合物驱动的H2A泛素化[13]、调控DNA损伤应答[14]，以及抑制细胞代谢和生物能程序[15]。BAP1免疫组化（IHC）是经证实的双等位基因失活的替代标志[4, 16]。重要的是，IHC已被证明在识别BAP1蛋白缺失方面比基因测序更敏感，因为它能捕获由表观遗传沉默、大型结构改变和转录后机制引起的蛋白水平失活，而这些可能是普通测序所遗漏的[17]。
MiT/TFE家族碱性螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链转录因子（MITF、TFEB、TFEC和TFE3）通过结合CLEAR（协调溶酶体表达与调控）网络来调控溶酶体生物发生[18]、自噬[19]、黑色素细胞发育[20]和致癌转录程序[21]。在肾脏肿瘤病理中，涉及TFE3的反复基因融合定义了一个独特实体，通常表现为弥漫性、强核TFE3免疫反应性[1]。然而，在未伴有基础基因重排的常规ccRCC亚群中，核TFE3免疫反应性被越来越多的报告所提及，其患病率估计从不到1%到超过10%不等，取决于队列组成、抗体克隆和使用的评价阈值[22, 23]。值得注意的是，ccRCC中的TFE3表达与无进展生存期缩短相关，与真正的重排RCC相当，提示其具有生物学意义[24]。ccRCC中TFE3表达的机制框架正在浮现。TFE3的亚细胞定位由mTORC1动态调控：当营养充足且溶酶体功能正常时，锚定于溶酶体的mTORC1磷酸化TFE3上的丝氨酸残基，促进14-3-3结合和胞质滞留[25]。相反，氨基酸耗竭、溶酶体应激、线粒体损伤和氧化应激触发TFE3去磷酸化、核转位和CLEAR网络的转录激活[19, 25]。此外，在溶酶体应激条件下，mTORC1非依赖性通路也处于激活状态[26]。
由于ccRCC中BAP1缺失与mTORC1激活、染色质失调和代谢应激相关，我们假设BAP1缺失肿瘤可能为应激诱导的天然MiT/TFE激活提供一个许可性细胞环境，即使不存在TFE3重排也是如此。为验证这一假设，我们组建了多个参与中心的高级别ccRCC合并队列，并通过IHC检测了BAP1、TFE3和GPNMB表达。
章节摘要
研究人群与病例选择
我们组建了一个回顾性、多机构高级别ccRCC队列，病例来源于参与科室的手术病理档案库。纳入标准为肾切除或肾部分切除标本，经共识诊断为ccRCC，且WHO/ISUP核仁分级为3级或4级，依据当前WHO泌尿生殖系统肿瘤分类标准进行分类[1]。肿瘤量不足以进行组织微阵列（TMA）取样、复评为非透明细胞组织学类型，或
队列特征
排除任何标志物缺乏可解读的内参对照或可评估肿瘤量不足的病例后，合并队列共包含来自四个中心的350例高级别ccRCC。多数为WHO/ISUP 3级（247/350；70.6%），其余为4级（103/350；29.4%）。肿瘤最大直径的中位数为6.0 cm（四分位距[IQR] 4.0-8.5；范围2.0-33.0）。局部进展性疾病（pT3-4）见于347例肿瘤中的147例（42.4%）。凝固性肿瘤坏死见于128例肿瘤
讨论
在本多机构高级别ccRCC系列研究中，我们同时考察了BAP1缺失与天然TFE3表达，并得出三个主要结论。第一，约15%的高级别ccRCC存在核TFE3表达，且在BAP1缺失肿瘤中显著且独立富集。第二，这种天然TFE3反应性几乎从不伴随GPNMB表达，而GPNMB是MiT/TFE活性的下游转录读出指标。第三，转移事件虽然较少且
结论
天然核TFE3表达见于相当一部分高级别ccRCC，并在BAP1缺失肿瘤中显著且独立富集。该表达与转移存在描述性关联，在TFE3表达与BAP1缺失同时出现时最为明显，但仍需在系统性淋巴结评估和生存随访的队列中进行验证。关键的是，天然TFE3表达不伴随GPNMB，从而将其与重排RCC区分开来，
CRediT作者贡献声明
Busra Yaprak Bayrak：写作–审阅与编辑，数据管理，概念化。Ece Ozturk：可视化，验证，调查研究，形式分析。Liang Cheng：写作–审阅与编辑，监督指导。Nazif Alperen YILDIRIM：写作–审阅与编辑，写作–初稿，可视化，方法学，调查研究，形式分析，数据管理，概念化。Hatice Nese Dogan：数据管理。Mahmut Akgul：写作–审阅与编辑，可视化，验证，监督指导，
数据与材料可用性
本研究生成或分析的所有数据均已包含在本已发表的文章中。
伦理批准与参与同意
本研究方案已获科贾埃利大学无创临床研究伦理委员会批准（GOKAEK-2026/13/52）。
Murat Oktay|Nazif Alperen Yildirim|Hatice Nese Dogan|Ganime Coban|Zeynep Nur Karaca|Selva Kabul|Havva Merve Dinc|Busra Yaprak Bayrak|Ece Ozturk|Liang Cheng|Mahmut Akgul
土耳其伊斯坦布尔纪念西尔利医院集团，病理科
