《Pneumonia》：Respiratory pathogens across rural populations: general practice patients with community-acquired pneumonia, residents, and goat farmers
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背景：居住在荷兰山羊农场（<2000 m）附近的居民持续表现出肺炎风险升高，但该关联背后的病原体仍未知。本研究评估了33种呼吸道病原体（包括细菌、病毒和真菌）在不同山羊农场暴露水平的农村人群中的存在情况。方法：本横断面研究纳入了全科医生（GP）诊断的肺炎患者（
背景：居住在荷兰山羊农场（<2000 m）附近的居民持续表现出肺炎风险升高，但该关联背后的病原体仍未知。本研究评估了33种呼吸道病原体（包括细菌、病毒和真菌）在不同山羊农场暴露水平的农村人群中的存在情况。方法：本横断面研究纳入了全科医生（GP）诊断的肺炎患者（PP；n=108）、无肺炎的非养殖农村居民（NFR；n=200）和山羊农场工人（GFW；n=91）。采集口咽和鼻咽拭子，通过一个多重PCR和两个额外PCR检测共12种细菌、20种病毒和1种真菌。采用Fisher精确检验评估组间检出差异。采用Logistic回归分析评估病原体检出与居住地距离山羊农场的远近及其他协变量之间的关联。结果：检出任意一种所检病原体的比例在PP组最高（94.5%），其次是GFW（88.8%）和NFR（70%）。总体最常见的病原体为流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）、卡他莫拉菌（Moraxella catarrhalis）和鼻病毒。其中，卡他莫拉菌和肺炎链球菌在PP中显著更常检出，而沙门氏菌属（Salmonella spp.）和金黄色葡萄球菌在GFW中更常检出。包括贝氏柯克斯体（Coxiella burnetii）在内的8种病原体未被检出。年龄、采样季节、吸烟及其他协变量与某些细菌和病毒的检出显著相关。然而，在NFR和PP中，未发现居住地距离山羊农场的远近与特定病原体检出之间的关联。结论：几乎所有PP中都检出了呼吸道病原体，而GFW和NFR中也观察到了相当比例的阳性检出，这可能反映（短暂）定植而非活动性感染。所检病原体的检出与居住地距离山羊农场的远近无关，提示这些病原体不能解释所观察到的附近非养殖居民肺炎风险升高。由于荷兰相当比例的人口（约7%）居住在商业山羊农场2000米范围内，且山羊养殖在全球扩张，需要进一步的研究努力，包括微生物学诊断和监测，以阐明附近居民肺炎风险升高背后的机制。
**一、研究背景与目的**
荷兰“畜牧业与邻近居民健康”（VGO）研究项目长期监测发现，2009–2019年间居住在商业山羊农场2000米范围内的居民因肺炎就诊的风险持续升高，且该关联不受季节影响。人群归因风险分析表明，距离山羊农场过近可解释约7%的社区获得性肺炎（community-acquired pneumonia, CAP）病例，相当于每年每10万居民中89–127例可避免病例。然而，全科医生（general practitioner, GP）在日常诊疗中通常不进行病原学检测，仅依据临床标准（国际初级保健分类代码R81）诊断肺炎，因此这些病例的致病病原体长期未知。既往针对住院肺炎患者的回顾性分析未发现特定病原体与山羊农场暴露相关，但受限于样本量和有限的检测手段。此外，Q热（贝氏柯克斯体感染）在疫苗和奶制品监测措施实施后已不能解释持续存在的风险。环境空气污染物可能影响上呼吸道微生物组，从而改变宿主对肺炎的易感性，但尚无研究系统评估山羊农场暴露人群的呼吸道病原体携带状况。为此，本研究旨在比较GP诊断的肺炎患者（PP）、无肺炎的非养殖农村居民（NFR）和山羊农场工人（GFW）三组人群中33种已知呼吸道病原体（细菌、病毒和真菌）的检出情况，并评估病原体检出与居住地距山羊农场远近的关联。
**二、研究方法概述**
研究人员开展了一项横断面研究，样本来源如下：PP组（n=108）招募自荷兰北布拉班特省和林堡省山羊农场密集区域的13家全科诊所，采样时间为2020年8月17日至2023年3月31日；NFR组（n=200）来自VGO研究既往参与者中无呼吸道症状的农村居民，于2021年8月至2022年7月由培训调查员进行家庭访视采样；GFW组（n=91）通过荷兰山羊奶业组织（NGZO）招募山羊农场主及雇员，于2020年12月和2021年6月至2022年2月采样。所有参与者均采集口咽（OP）和鼻咽（NP）拭子，采用多重聚合酶链式反应（polymerase chain reaction, PCR）检测11种细菌、20种病毒和1种真菌，并额外进行针对贝氏柯克斯体和严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的PCR检测。统计分析采用Fisher精确检验比较组间检出率差异，并构建多变量广义线性模型（GLM）评估病原体检出与居住地距山羊农场距离（<2000米）及其他协变量（年龄、性别、吸烟、季节、疫苗接种、慢性病）的关系，同时以加权牲畜密度指标调整其他牲畜暴露。
**三、研究结果**
**（一）研究人群特征**
PP组平均年龄61.5岁，NFR组为63.6岁，GFW组显著较低（41.0岁）。PP组慢性病（哮喘、慢性阻塞性肺疾病、免疫缺陷等）患病率显著高于另外两组。PP和NFR的流感及肺炎球菌疫苗接种率高于GFW。62.0%的PP和42.0%的NFR居住在距山羊农场2000米以内。PP组从症状出现到就诊的中位时间为7天，最常见的症状为咳嗽（96%）、气短（74%）和发热（53%）。在73例进行C反应蛋白（C-reactive protein, CRP）检测的PP中，37%为阳性（>100 mg/L），其中22例同时检出细菌病原体。
**（二）病原体检出**
至少检出一种所检病原体的比例在PP组最高（94.5%），其次是GFW（88.8%）和NFR（70.0%）。细菌检出率分别为PP组89%、NFR组64%、GFW组85%；病毒检出率分别为PP组53%、NFR组19%、GFW组28%。最常检出的病原体为流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、卡他莫拉菌和鼻病毒。其中，卡他莫拉菌和肺炎链球菌在PP中的检出率显著高于NFR和GFW；沙门氏菌属和金黄色葡萄球菌在GFW中的检出率显著更高；流感嗜血杆菌在PP（49.1%）和GFW（44.0%）中检出率高，但NFR仅为25.0%。共有8种病原体（肺炎衣原体、贝氏柯克斯体、嗜肺军团菌、肺炎支原体、人冠状病毒NL63、人副流感病毒2型、人细小病毒、乙型流感病毒）在所有人群中均未检出。
**（三）环境暴露分析**
针对检出率最高的5种病原体，将PP和NFR分别按居住地距最近山羊农场是否在2000米以内进行分层比较，未发现显著差异。多变量模型调整年龄、性别、吸烟、采样季节、疫苗接种和慢性病后，仍未见一致关联。敏感性分析纳入牛、猪和家禽密度的加权指标后，结果保持稳健。部分协变量呈现显著关联，例如年龄与NFR中流感嗜血杆菌检出正相关，呼吸季节（第40–52周和第1–20周）与PP中卡他莫拉菌检出正相关（OR=4.12），吸烟与PP中鼻病毒检出正相关（既往吸烟者OR=12.78，当前吸烟者OR=9.43）。
**四、讨论与结论**
研究者在讨论中指出，PP中几乎均检出病原体，但GFW和NFR中也存在相当比例的阳性检出，这表明上呼吸道标本中的病原体可能反映短暂定植、无症状携带而非活动性感染，尤其是在高灵敏度PCR检测下需谨慎解释病因学意义。GFW中沙门氏菌属和金黄色葡萄球菌检出率较高，可能与职业性牲畜接触有关；但流感嗜血杆菌和肺炎链球菌与山羊农场关联的机制尚不明确。尽管贝氏柯克斯体未被检出，但环境暴露可能通过改变呼吸道微生物组间接影响肺炎易感性。研究局限性包括PP样本量未达预期（受COVID-19疫情期间初级保健重组影响）、采样时间窗口和人群招募周期差异、缺乏下呼吸道样本及随访血清学数据等。研究者强调，通过常规采集GP肺炎病例的鼻咽和口咽拭子并结合宏基因组测序、环境监测和扩大样本量，是未来阐明机制的关键方向。
本研究结论为：几乎所有GP诊断的肺炎患者均检出呼吸道病原体，且常为多重检出；无肺炎的农村居民中也有相当比例的阳性检出，提示定植而非必然感染；山羊农场工人中金黄色葡萄球菌和沙门氏菌属检出更频繁；居住地距山羊农场的远近与任一特定病原体检出无关联。因此，本研究涵盖的已知呼吸道病原体不能解释山羊农场附近居民升高的肺炎风险，未来需探索环境暴露、宿主免疫和微生物组交互等其他潜在机制，这对于保护农村社区健康和指导可持续畜牧业发展具有重要意义。
