土耳其三级医疗中心耶氏肺孢子菌肺炎的诊断评估、分子流行病学及预后分析

《BMC Infectious Diseases》：Molecular epidemiology, genotype distribution and drug resistance of Pneumocystis jirovecii in a Turkish tertiary care center

　　

摘要

背景

耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）是一种危及生命的真菌感染，对非HIV免疫抑制患者的影响尤为严重，相关流行病学和预后数据仍然匮乏，尤其是来自东地中海地区的数据。本研究旨在评估土耳其一家三级医疗中心PJP的诊断方法，描述耶氏肺孢子菌的分子流行病学，调查与复方磺胺甲恶唑耐药相关的突变，并探讨疾病严重程度和死亡率的临床相关性。

方法

共评估了73例患者的102份标本；其中21例实时定量PCR（Rt-qPCR）阳性患者被前瞻性纳入研究。使用复合参考标准（≥ 2种方法阳性）评估诊断性能，并使用Cohen's kappa评估方法间一致性。通过多位点序列分型（MLST）确定基因型，通过限制性片段长度多态性（RFLP）分析二氢叶酸合成酶（DHPS）耐药突变。临床数据和30天死亡率从医院记录中获取。

结果

与复合参考标准相比，吉姆萨染色的敏感性为66.7%，卡诺荧光白染色的敏感性为40.0%，Rt-qPCR在6例复合标准阴性和显微镜检查阴性的患者中呈阳性，突显了区分活动性感染与定植的诊断挑战。方法间一致性为中等至尚可（κ = 0.276–0.533）。在非HIV患者中的探索性ROC分析建议，预测免疫荧光显微镜阳性的真菌负荷阈值为41.6拷贝/mL（AUC 0.750），然而标本类型的异质性以及仅凭真菌负荷无法区分感染与定植，强调了进一步验证的必要性。主要基因型为mtLSU基因型7、CYB1和SOD1；两名MLG X患者和两名MLG Y患者的住院时间有重叠，引发了流行病学关联的可能性。未发现DHPS突变。30天死亡率为47.6%，非幸存者的乳酸脱氢酶（LDH）显著更高，而血小板计数和白蛋白显著更低（p = 0.02，p = 0.02，p = 0.02）。

结论

Rt-qPCR是最敏感的诊断方法，但我们的研究结果表明，不应仅凭真菌负荷来区分活动性感染与定植。定量PCR结果应始终与临床和影像学发现结合解读。基因型分布似乎与欧洲研究报告的有所不同，死亡率较高，LDH、血小板计数和白蛋白被确定为主要预后标志物。需要更大规模的多中心研究来确认这些发现。