单分子长读长测序揭示了乙型肝炎病毒单倍型结构的多样性，包括突变、缺失和剪接

《Journal of Virological Methods》：Single-molecule and long-read sequencing reveals structural diversity of hepatitis B virus haplotypes including mutations, deletions, and splicing.

　　

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  RCA-纳米孔测序技术在初步研究中实现了HBV的近乎全长度单倍型分析。
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  单分子测序结果将远距离的突变、缺失和剪接模式联系起来。
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  缺失和剪接变体聚集在特定的HBV单倍型内。
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  在一名患者身上观察到HBeAg血清转换前后的单倍型变化。

章节摘要

引言

乙型肝炎病毒（HBV）在患者病程中表现出复杂的变化。这种变异性既受宿主遗传多样性的影响，包括免疫选择压力，也受HBV基因组多样性的影响（EASL, 2025年8月, Zhang等, 2016年1月7日, Tong和Revill, 2016）。虽然之前的研究使用群体测序和短读长深度测序调查了部分HBV基因组信息与疾病病理学之间的关联，但完整的图景仍然不明确（

核酸提取和PCR

从访问山形大学的乙型肝炎患者中，选择了5个病例中呈现各种病理状况的6个储存的血清样本。样本背景见表1。本研究获得山形大学伦理委员会批准（批准号：790、897、1326和2691），并按照《赫尔辛基宣言》的原则进行。患者提供书面知情同意或被给出选择退出的选项，

患者特征

分析了来自5名患者的6个样本（表1）。患者1是20多岁的HBeAg阴性慢性肝炎患者，患者2是40多岁的HBeAg阴性非活动性携带者，患者3是30多岁的HBeAg阳性慢性肝炎患者，患者4是50多岁的HBeAg阳性肝细胞癌患者，患者5是30多岁的HBeAg血清转换病例（样本5-1：HBeAg阳性期，样本5-2：HBeAg阴性期）。系统发育树

讨论

单分子和长读长分析带来的新视角

在这项探索性的概念验证研究中，我们使用RCA-纳米孔方法在单分子水平上分析了近乎全长的HBV基因组，并观察到单个患者内存在多种单倍型，这些单倍型具有相互关联的点突变、缺失和剪接模式。使用传统的短读长测序，很难识别基因组远处位置之间的突变关联，以及大型结构

伦理声明

已获得所有参与者或其法定代表人的书面知情同意，以参与本研究并发表文章。已遵守参与者的隐私权。

本研究包括器官或组织供者。本研究包括人类生物材料，已获得供者或其直系亲属或法定代表人的同意，用于本研究和文章发表。本研究中使用的样本并非来自被执行

伦理声明

研究方案获得机构审查委员会批准：本研究获得山形大学伦理委员会批准（批准号：790、897、1326和2691），并按照《赫尔辛基宣言》的原则进行。

资金信息

日本医学研究和发展机构（AMED）

资助编号：JP25fk0310545h0001，JP25fk0210142h0002，JP25fk0210142s0202

日本学术振兴会（JSPS）科学研究费補助金

资助编号：JP24k11109

武田日本医学办公室2023年资助研究基金

知情同意

患者按照批准的研究方案提供书面知情同意或被给出选择退出的选项。

CRediT作者贡献声明

Shuya Matsuda：调查。Kozue Yamauchi：调查。Atsunori Tsuchiya：监督。Hitomi Takada：调查。Shinya Maekawa：监督。Nobuyuki Enomoto：软件。Masaru Muraoka：调查。Natsuko Nakakuki：资源。Yasuyuki Komiyama：资源。Leona Osawa：资源。Shinichi Takano：监督。Mitsuaki Sato：资源。Yuichiro Suzuki：资源。

利益冲突声明

作者没有利益冲突。

致谢

作者感谢Oomori Takako女士和Nakajima Tomoko女士提供的出色技术支持。

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的竞争财务利益或个人关系，这些利益或关系可能被认为影响了本文报告的工作。

Hitomi Takada|Kozue Yamauchi|Shuya Matsuda|Leona Osawa|Yasuyuki Komiyama|Natsuko Nakakuki|Masaru Muraoka|Yuichiro Suzuki|Mitsuaki Sato|Shinichi Takano|Shinya Maekawa|Atsunori Tsuchiya|Nobuyuki Enomoto