Akita Semifreddo：用于定向设计基因组折叠模式的DNA序列优化框架

《Genome Biology》：Sequence design for three-dimensional genome folding using Akita Semifreddo

　　

摘要

DNA 序列指导基因组折叠，进而塑造增强子 - 启动子通讯和基因表达。如何设计能产生所需折叠模式的 DNA 序列，目前仍很大程度上未被探索。在此，我们提出了 Akita Semifreddo，它结合了 AkitaV2 基因组折叠模型的高效“半冻结”版本与 Ledidi 序列优化器，以便在计算机模拟中设计具有所需折叠的 DNA 序列。我们证明，该框架能够实现主要折叠特征——边界、点和火焰——在位置和强度上的定向设计。总之，Akita Semifreddo 提供了一个平台，用于剖析基因组折叠的序列语法并构建合成调控景观。