梯度提升机铜死亡基因评分与ENTPD5：肝细胞癌放疗应答与预后的情境依赖性候选标志物研究

《BMC Cancer》：Deciphering ENTPD5-driven radioresistance in hepatocellular carcinoma via multi-algorithm machine learning and single-cell virtual knockout

【字体：大中小】 时间：2026年10月27日 来源：BMC Cancer 4.1

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　　摘要背景放疗抵抗限制了肝细胞癌（HCC）的持久局部控制，但铜死亡相关代谢与辐射反应之间的关系仍未得到充分阐明。方法我们整合了LIRI-JP（n?=?231）、GSE14520（n?=?225）和TCGA-LIHC（n?=?325）三个数据集中的26个铜死亡和辐射相关基因。采用

摘要

背景

放疗抵抗限制了肝细胞癌（HCC）的持久局部控制，但铜死亡相关代谢与辐射反应之间的关系仍未得到充分阐明。

方法

我们整合了LIRI-JP（n?=?231）、GSE14520（n?=?225）和TCGA-LIHC（n?=?325）三个数据集中的26个铜死亡和辐射相关基因。采用共识聚类分析和127种机器学习配置来开发和验证预后评分。使用GSE149614单细胞数据、scTenifoldKnk虚拟敲除、辐照MHCC97H模型以及术后免疫组化进行生物学评价。

结果

梯度提升机评分在三个队列中始终能有效地分层总生存期。在整体队列中，高风险组的ENTPD5表达量较低，且与风险评分呈负相关。相比之下，在6,033个恶性细胞中，ENTPD5与评分呈弱正相关，并在辐射选择的MHCC97H细胞中上调（p?=?0.036；log2倍变值?=?0.316）。虚拟敲除预测未折叠蛋白反应和放疗抵抗相关程序减弱。在42名可评估临床结局的患者中，ENTPD5阳性病例中有11/39例复发，ENTPD5阴性病例中有3/3例复发（28.2% vs. 100%；Fisher精确检验p?=?0.032）。ENTPD5阳性病例的无进展生存期较长（log-rank p?=?0.019；单变量Cox风险比?=?0.22，95%置信区间0.05–0.89），尽管ENTPD5阴性组样本量较小。

结论

该整合评分在回顾性HCC队列中具有预后价值，且ENTPD5在整体肿瘤、恶性细胞状态、辐射选择细胞和术后组织中表现出情境依赖性关联。这些发现支持将ENTPD5作为进一步研究的候选标志物，而非确立其因果或治疗预测作用。

图形摘要

背景

放疗抵抗限制了肝细胞癌（HCC）的持久局部控制，但铜死亡相关代谢与辐射反应之间的关系仍未得到充分阐明。

方法

我们整合了LIRI-JP（n?=?231）、GSE14520（n?=?225）和TCGA-LIHC（n?=?325）三个数据集中的26个铜死亡和辐射相关基因。采用共识聚类分析和127种机器学习配置来开发和验证预后评分。使用GSE149614单细胞数据、scTenifoldKnk虚拟敲除、辐照MHCC97H模型以及术后免疫组化进行生物学评价。

结果

梯度提升机评分在三个队列中始终能有效地分层总生存期。在整体队列中，高风险组的ENTPD5表达量较低，且与风险评分呈负相关。相比之下，在6,033个恶性细胞中，ENTPD5与评分呈弱正相关，并在辐射选择的MHCC97H细胞中上调（p?=?0.036；log2倍变值?=?0.316）。虚拟敲除预测未折叠蛋白反应和放疗抵抗相关程序减弱。在42名可评估临床结局的患者中，ENTPD5阳性病例中有11/39例复发，ENTPD5阴性病例中有3/3例复发（28.2% vs. 100%；Fisher精确检验p?=?0.032）。ENTPD5阳性病例的无进展生存期较长（log-rank p?=?0.019；单变量Cox风险比?=?0.22，95%置信区间0.05–0.89），尽管ENTPD5阴性组样本量较小。