报道了采自越南北部地区的旋叶球兰（Hoya verticillata var. verticillata）的完整叶绿体基因组及系统发育关系

《Acta Physiologiae Plantarum》：Reporting complete chloroplast genome of Hoya verticillata var. verticillata was collected from the Northeast region of Vietnam, and phylogenetic Relationships

　　

摘要

Hoya verticillata var. verticillata 是一种从空气中获取水分和养分的附生植物。它在药用和观赏方面均具有重要价值。由于其与其他附生 Hoya 物种在形态上相似，以及当样本变形或呈粉末状时，准确鉴定可能具有挑战性。在植物中，叶绿体 (cp.) DNA 通常表现出保守的双链环状结构，但突变会随进化时间积累，不同区域的速率各异。具有高核苷酸多样性的基因区域有利于作为物种鉴定的 DNA 标记。因此，表征完整的 cp. 基因组对于开发有效的条形码以区分 H. verticillata var. verticillata 是必不可少的。在本研究中，我们测序并分析了 H. verticillata var. verticillata 的完整 cp. 基因组，其大小为 176,429 bp，包括大型单拷贝 (LSC) 区 (91,020 bp)，小型单拷贝 (SSC) 区 (2,297 bp)，以及两个倒重复 (IR) 区 (每个 41,556 bp)。该基因组编码 144 个基因，包括 98 个蛋白质编码基因，38 个 tRNA 基因和 8 个 rRNA 基因。使用完整 cp. 基因组和三个选定基因 (ndhF, matK 和 rpl16) 进行的系统发育分析阐明了 Hoya 物种之间的遗传关系。发现马士度树族 (Marsdenieae) 中 cp. 基因组结构和基因内容高度保守。值得注意的是，ndhF 基因表现出高核苷酸多样性和强系统发育分辨率，突显了其作为 DNA 条形码区分 H. verticillata var. verticillata 与近缘类群的潜力。这些结果为未来 Hoya 属的叶绿体基因组研究提供了宝贵的资源，并有助于了解夹竹桃科 (Apocynaceae) 内的系统发育关系。