整合整体转录组、单细胞转录组及虚拟敲除分析，鉴定出 FOS 为慢性萎缩性胃炎中的上皮相关候选基因

《Functional & Integrative Genomics》：Integrated bulk and single-cell transcriptomics with virtual knockout analysis identifies FOS as an epithelial-associated candidate gene in chronic atrophic gastritis

慢性萎缩性胃炎（CAG）是一种癌前病变，其特征为上皮损伤、腺体萎缩和胃功能受损。目前，将上皮改变与潜在中药衍生化合物联系起来的分子靶标尚不清楚。本研究分析了GEO转录组数据集以鉴定差异表达基因（DEGs），并将其与CAG相关基因取交集进行富集分析。利用蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络分析和反向网络药理学鉴定关键靶标并构建药物-成分-靶标网络。随后整合单细胞RNA测序、虚拟敲除、分子对接以及1-甲基-3-亚硝基-1-亚硝基胍（MNNG）处理的GES-1细胞中的CCK-8实验和RT-qPCR实验来优先筛选和评估FOS基因。共鉴定出502个差异表达基因和54个交集CAG相关基因，富集于伤口愈合、上皮连接组织、紧密连接、cAMP信号通路、胃癌以及消化或分泌通路。鉴定出五个关键基因——APOA1、CFTR、FOS、HMOX1和VIM，其AUC值均超过0.80。在21,679个单细胞中，FOS是唯一主要富集于胃上皮细胞的关键基因。虚拟敲除预测了FOS网络扰动与五个参与激素处理和胃分泌通路的基因之间的关联。分子对接生成了候选的杨黄素-FOS和山柰酚-FOS构象，用于初步化合物优先筛选。MNNG降低了GES-1细胞的存活率并显著上调了FOS mRNA的表达。整合计算分析表明FOS是CAG中与上皮相关的候选基因，并提示其与胃分泌通路可能存在探索性关联。这些发现支持对FOS/AP-1轴的进一步功能研究和化合物干预研究。