阐明番荔枝中新型生物活性植物成分及其缓解类风湿关节炎的作用机制：一种整合网络药理学、分子对接和分子动力学模拟的方法

《In Silico Pharmacology》：Unraveling novel bioactive phytoconstituents from Annona squamosa L. and their mechanisms of action for the relief from rheumatoid arthritis: an integrated network pharmacology, docking and MD simulations approach

　　**摘要**类风湿关节炎（RA）是一种慢性自身免疫性疾病，其特征为滑膜炎症、关节逐渐退化和关节外并发症，由遗传易感性、免疫系统失调和环境因素的复杂相互作用所致。合成药物虽可提供症状缓解，但具有显著副作用、长期疗效有限且成本高，凸显了对更安全、更有效的多靶点疗法的迫切需求。植物来源的化合物是开发用于类风湿关节炎等免疫介导和炎症性疾病的新型多靶点治疗药物的有前景的候选物质。本研究采用网络药理学、分子对接和分子动力学（MD）模拟方法，探讨了糖苹果（Annona squamosa L.）中生物活性植物化合物对类风湿关节炎的治疗效果。通过系统筛选精选数据库和文献挖掘获取生物活性植物化合物，随后进行ADMET分析评估和类药性评价。通过SwissTargetPrediction和GeneCards分别识别了A. squamosa植物化合物的推测靶点和与类风湿关节炎相关的基因。蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPIN）分析识别了十个关键枢纽靶基因，而基因本体（GO）和KEGG通路富集分析揭示了与类风湿关节炎发病机制相关的生物学过程和关键信号通路。槲皮素、木犀草素、异鼠李素和山奈酚四种生物活性植物化合物预计与98个潜在分子靶点相互作用，其中50个对应于类风湿关节炎相关靶点。识别出十个枢纽靶基因：AKT1、EGFR、SRC、MMP9、GSK3B、PARP1、MMP2、IGF1R、KDR和MET。通路富集分析揭示了局灶黏附和Rap1信号通路显著参与，以及其他生物学富集通路。分子对接结果表明，槲皮素与AKT1表现出最强的结合亲和力（?9.7 kcal/mol）。此外，100 ns的分子动力学模拟支持了槲皮素-AKT1复合物在整个模拟期间的稳定性和结构完整性。本研究发现为糖苹果生物活性植物化合物针对类风湿关节炎的潜在多靶点机制提供了计算见解，强调了进一步实验验证和药物开发的必要性。