《Journal of Invertebrate Pathology》：Surveillance, genetic diversity, and virulence characterisation of
Francisella halioticida in blue mussels from the United Kingdom and Ireland
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原文未提供独立摘要；以下为论文Highlights（研究要点）的专业翻译：F. halioticida在英国和爱尔兰蓝贻贝中以低水平存在。东北大西洋分离株显示遗传多样性，但缺乏地理结构。一个贻贝宏基因组组装基因组（metagenome-assem
原文未提供独立摘要；以下为论文Highlights（研究要点）的专业翻译：F. halioticida在英国和爱尔兰蓝贻贝中以低水平存在。东北大西洋分离株显示遗传多样性，但缺乏地理结构。一个贻贝宏基因组组装基因组（metagenome-assembled genome, MAG）揭示了一个与致病性相关的Francisella致病岛（Francisella pathogenicity island, FPI）样区域。低流行率但显著多样性支持对F. halioticida的持续监测。
研究背景：
Francisella halioticida是近二十年来受到关注的海洋软体动物胞内细菌病原，曾与日本鲍鱼（
Haliotis gigantea）大规模死亡、加拿大和日本Yesso扇贝（
Mizuhopecten（=
Patinopecten）
yessoensis）疫情以及法国和英国贻贝（
Mytilus spp.）检测相关。实验条件下该病原具有高毒力，欧洲水域尤其是英国野生蓝贻贝中的近期检测提示其已知地理范围扩大。现有问题在于：东北大西洋贻贝群体中
F. halioticida的遗传多样性、种群结构和毒力潜力仍不清楚；16S rRNA基因高度保守，限制菌株分辨率，需多位点序列分析（multilocus sequence analysis, MLSA）等手段；其致病机制及毒力因子亦未充分表征。因此，Ríos-Castro等开展整合分子检测与基因组表征的研究，以了解该新发病原的多样性、基因组特征及其对软体动物健康和水产养殖生物安全的意义。
关键技术方法（≤250字）：研究人员于2024—2025年在英格兰The Wash和Tamar Estuary采集野生蓝贻贝，并纳入2013/2016年Tamar历史样本、苏格兰Dundee样本、爱尔兰多个地点样本，以及加拿大和日本Yesso扇贝培养分离株和日本鲍鱼参考株。采用靶向
rpoB基因的qPCR检测病原，以H&E组织病理学观察组织病变；对9个管家基因进行MLSA，并通过Oxford Nanopore Technology（ONT）扩增子测序开展系统发育分析；对南英格兰一只感染贻贝进行Illumina宏基因组测序并组装MAG，开展BUSCO完整性评估、开放阅读框（open reading frames, ORFs）预测及功能注释。
研究结果：3.1
F. halioticida surveillance for the years 2024–2025：2024—2025年共分析英国Tamar和The Wash的177只贻贝，仅1只（0.56%）组织匀浆qPCR阳性，且其血淋巴阴性。组织病理显示性腺停滞、脂肪颗粒细胞较少、肾周/心包相关结缔组织和足细胞轻度粒细胞浸润、坏死细胞及足细胞脱落，偶见疑似胞内细菌；提示低载量、局部感染而非系统性感染。3.2 Phylogenetic analysis of
Francisella halioticida in blue mussels：环境样本中9个管家基因仅5个可可靠扩增测序，培养分离株9个基因均成功；最终超树数据集包括15个环境蓝贻贝样本、5个Yesso扇贝分离株和3个鲍鱼分离株。所有蓝贻贝序列均位于
F. halioticida分支内；法国FR21位于该分支内的独立分支；日本Yesso扇贝分离株彼此接近并靠近参考UTH170823，串联树中形成更明显簇；加拿大分离株与鲍鱼参考株接近，串联树中形成支持较好的簇；英国、爱尔兰和苏格兰蓝贻贝样本分散于多个分支，无国家特异或单系分组，提示东北大西洋贻贝分离株缺乏明确地理结构。3.3 Draft metagenome-assembled genome (MAG) of
Francisella halioticida infecting blue mussels in South England：MAG约2.26 Mbp，7,163,542条reads中807,730条（11.3%）比对到参考基因组；BUSCO显示41.13%保守直系同源基因为单拷贝，41.13%片段化，17.74%未检出，无重复基因；预测3666个ORFs，59.3%获GO术语，29.2%经BLAST相似注释，4.5%仅InterProScan，2.4%仅GO mapping，4.7%为假想蛋白；酶类以转移酶（约500）、水解酶（约450）和氧化还原酶（约250）为主；InterProScan显示约2500个蛋白序列含可识别结构域，约1800个获GO术语，约1110个无InterPro签名；EggNOG分类以代谢（36.6%）、信息存储与加工（28.4%）和细胞过程与信号（15.6%）为主，10.8%表征不足；多数蛋白与
Francisella spp.尤其
F. halioticida最相似，支持其分类归属。3.4 The
Francisella virulence related genes：3.4.1 FPI：MAG中鉴定出约14.2 kbp的推定FPI样区域（位置1,254,570—1,268,781 bp），GC含量局部降低，富含VI型分泌系统（type VI secretion system, T6SS）和插入序列（IS）相关基因；多数编码序列位于负链，侧翼含双链IS3家族转座酶；区域内含TssK、收缩鞘组分、DotU、IglE、IglH及IglI家族蛋白编码基因，未检出PdpABCDE簇；FPI外还检出T1SS/T2SS相关HlyD及两个
anmK基因。3.4.2 Additional genes associated with virulence in
Francisella：FPI外检出MglA、SspA、HupB、MigR、FevR、ppGpp等调控基因，LysR家族调控因子、
katG、
sodB/
sodC等抗氧化/解毒基因，
hupA/
hupB、AraC家族调控因子、铁摄取相关
fslE，以及M3、M14、M15、M16、M17、M24、M48家族金属肽酶和FtsH、HtpX、ClpP、CPBP等蛋白酶基因；这些基因与胞内存活、应激适应和毒力调控相关。
讨论部分总结：英国既往监测显示蓝贻贝
F. halioticida阳性率存在年际变化，2013年夏7.1%、2016年5%、2018年7%、2019年1月17.8%；2024—2025年采样点活动性贻贝床减少，阳性率仅0.56%，高Ct值提示低菌载量。苏格兰样本阳性率持续较低（<5%），爱尔兰绳养贻贝阳性率0%至>40%不等，多在20%以下，冬季和春季偶有升高，且未伴随可观察临床疾病，提示亚临床或无症状存在；法国报道的较高检出率常与死亡事件相关。组织阳性而血淋巴阴性、局部肉芽肿性病变支持低强度或局部感染解释。系统发育上，
F. halioticida与
F. ulignis等形成海洋相关分支，蓝贻贝分离株呈种内多样性且无清晰地理分隔，可能反映东北大西洋区域连通和扩散，但现有数据不能正式检验传播过程；超树方法因数据不完整无法提供枝长和常规统计支持，解释需谨慎。MAG虽为草图且受短读长影响存在片段化，但功能注释、结构域保守性、毒力调控基因和FPI特征支持其生物学可靠性；FPI基因组成在属内存在变异，缺失
pdp簇与其他Francisella成员报道一致；金属肽酶等可能参与应激适应和宿主互作。研究结论翻译：本研究确认
F. halioticida存在于英国野生蓝贻贝中，但2024—2025年监测期间可检测水平低，仅发现1只低载量qPCR阳性个体。组织阳性而血淋巴阴性，结合局部肉芽肿性病变，支持低强度或局部感染而非全身性疾病的解释。系统发育分析显示贻贝相关分离株存在种内多样性，在东北大西洋样本中无清晰地理结构，尽管需要更广泛采样确认。MLSA提示贻贝来源
F. halioticida分离株与先前报道的扇贝和鲍鱼分离株分开聚类；然而现有数据不足以为其系统发育独特性下定论。MAG分析识别出保守的致病性相关特征，包括推定FPI区域和关键毒力调控因子。未来成功体外分离
F. halioticida将可通过更深测序覆盖获得更高质量基因组组装，从而提高基因组完整性和结构分辨率。总体而言，结果表明
F. halioticida在英格兰、苏格兰和爱尔兰野生贻贝群体中呈可变且总体低水平发生，并强调未来需要扩展的多季节监测和比较基因组研究；当前MAG已提供稳健的生物学和功能信号，支持可靠的比较和毒力相关解释。
