慢性肾脏病中肾脏损伤后选择性剪接动态变化的多时间点特征分析

《Scientific Reports》：Dynamics of cell states and alternative splicing following kidney ischemia-reperfusion injury

　　

摘要

慢性肾脏病（CKD）中肾脏损伤的进展涉及多个损伤后阶段以及尚未完全阐明的复杂细胞和分子机制。在本研究中，我们旨在表征肾脏损伤后选择性剪接的动态变化。为此，我们分析了公开可用的批量RNA测序数据，涵盖小鼠肾脏缺血再灌注损伤（IRI）实验后的九个时间点。利用主题建模方法，我们识别出五个不同的时间阶段，分别对应以下细胞状态："早期损伤反应"、"损伤"、"修复"、"恢复失败"和"健康近端肾小管"。此外，我们发现了一组在这些细胞状态相关的时间点之间发生选择性剪接的基因，其中部分基因与损伤、应激、上皮-间质转化（EMT）和凋亡有关。最后，我们发现了数个在不同时间点上差异表达的推测性剪接调节因子，其结合基序在选择性剪接外显子附近富集，表明它们可能在肾脏损伤和修复后的选择性剪接动态中发挥关键作用。这些发现深化了我们对肾脏损伤和修复相关分子机制的理解，为开发针对急性肾脏损伤（AKI）及其向CKD进展的靶向治疗策略提供了潜在途径。