摘要
背景/目的：蓝莓采后腐烂反映了果实生理、宿主基因表达和果皮微生物组的耦合变化。我们评估了一种富含隐色质的发酵提取物（HE，来源于Hypocrella bambusea，竹赤拟色），并整合品质、转录组、细菌16S rRNA和真菌ITS数据以阐明其保鲜机制，重点关注花青素途径基因。方法：新鲜果实（CK）、25 °C下贮存6天的未处理果实（OS）以及在相同条件下经HE处理的果实（TS）通过三个匹配生物学重复进行比较。RNA-seq、细菌16S rRNA、真菌ITS和品质测定被分配至相同的重复标识符（CK_1–CK_3、OS_1–OS_3和TS_1–TS_3）。所提供的标准化表达矩阵包含9538个基因和九个样本。Log2转换后的表达通过主成分分析、探索性Welch检验（经Benjamini–Hochberg校正）、同源引导的GO/KEGG分析、预排序基因集富集分析以及候选转录因子与花青素结构基因之间的Pearson相关性进行分析。结果：HE描述性地将腐烂指数从70%降至32%，将MDA从8.5降至5.0 nmol/g FW，同时改善了硬度、可溶性固形物、滴定酸度、SOD和POD。PC1和PC2分别解释了转录组变异的78.5%和16.4%。在探索性标准化表达分析中，相对于OS，TS包含1872个上调基因和2934个下调基因（FDR < 0.05，|log?FC| ≥ 1）。谷胱甘肽代谢、次级代谢、缺氧反应、真菌反应和类黄酮生物合成在TS中下调的基因中富集。PAL、C4H、4CL、CHS、F3H/FLS样、DFR、UFGT和GST候选基因在OS中表现出强烈诱导，随后在TS中向CK转录状态衰减。该模式与解除贮存诱导的防御程序一致，而非促进花青素积累。HE还与腐败相关真菌的减少及细菌群落的重构同时发生。结论：HE的保鲜效果最好解释为对贮存诱导的代谢压力的协调衰减、花青素途径转录稳态的稳定以及果皮微生态系统的重塑。仅凭转录本丰度不足以确立花青素含量，所推断的转录因子与跨组学联系需要启动子、代谢物、原始计数和样本水平的多组学验证。
