简要摘要
猪繁殖与呼吸综合征是全世界范围内对生猪最具破坏性的病毒性疾病之一，会导致母猪繁殖失败和育肥猪严重呼吸道疾病，并给养猪业造成巨大经济损失。该致病原病毒进化迅速，毒株间频繁交换遗传物质，使得疾病防控越来越困难。湖北省作为中国中部主要养猪产区，长期受此疾病困扰，但目前疫情状况仍不明确。本研究检测了2024年至2025年间从湖北省12个城市的养猪场收集的近1500份临床样本。我们发现约四分之一的样本检测结果呈阳性，其中保育猪的感染率最高。遗传分析显示，近期出现的北美型毒株已成为优势毒株，取代了较早的经典毒株。成功分离出6株活病毒并对其完整基因组进行了测序，揭示了一种新型重组毒株以及不同病毒类型间明显的遗传特征差异。这些发现提供了中国中部地区疾病流行的最新信息，有助于指导当地疫苗接种策略、加强疾病监测，并支持开发更有效的疫苗。
摘要
猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）仍然是全球养猪业最具经济破坏性的病原体，频繁的遗传重组和持续的谱系更替推动其快速进化。湖北省作为中国中部主要养猪枢纽，长期承受巨大的PRRSV疾病压力，但目前流行毒株的流行病学和进化格局仍缺乏充分表征。本研究于2024年至2025年间从12个地级市收集1478份临床样本，进行RT-PCR检测、ORF5基因测序、病毒分离及全基因组分析。临床样本的检出率为26.32%，保育猪最高（32.65%）。对136条ORF5序列进行系统发育分析，显示谱系1占主导地位（66.18%），包括NADC30样（38.24%）和NADC34样（27.94%）毒株，其次为谱系8（24.26%）、谱系5（5.15%）和谱系3（4.41%）。共分离出6株病毒，全基因组分析鉴定出不同谱系特异性的NSP2缺失模式，以及一株具有JXA1样骨架并插入NADC30样片段的重组毒株（LW HP）。选择压力分析将Nsp2列为约束最弱的基因（dN/dS = 0.3065；纯化选择），GP5和NSP2高变区存在正选择密码子。这些发现揭示了中国中部地区PRRSV的当前疫情状况和遗传特征，为区域防控和疫苗开发提供了关键数据。
