通过转录组测序筛选调控黔东南小香鸡腹部脂肪沉积的候选基因

《Gene Reports》：Screening of candidate genes regulating abdominal fat deposition in Qiandongnan Xiaoxiang chickens via transcriptome sequencing

　　**要点**- 开发了一种全血转录组替代策略来筛选腹部脂肪相关基因，解决了青年土鸡高质量脂肪RNA不足的局限性。- 通过多维生物信息学分析系统鉴定了五个调节腹部脂肪沉积的候选基因（GPT2、ACSL6、THNSL2、CPS1、SDC3）。- 本研究证实 SDC3 在腹部脂肪组织中的表达与腹部脂肪百分比显著正相关。- 本研究为阐明黔东南小香鸡腹部脂肪沉积的分子机制提供了新的转录组资源和研究基础。**章节摘要****缩略语表**- AFW：腹部脂肪重量- AFP：腹部脂肪百分比- BP：生物过程- CC：细胞组分- DEGs：差异表达基因- GO：基因本体论- GWAS：全基因组关联研究- HAF：高腹部脂肪百分比- KEGG：京都基因与基因组百科全书- LAF：低腹部脂肪百分比- MCC：最大团中心性- MCODE：分子复合物检测- MF：分子功能- PPI：蛋白质-蛋白质相互作用- RNA-Seq：RNA测序- RT-qPCR：实时定量逆转录聚合酶链反应**动物**本研究所有动物实验操作均按照《实验动物伦理审查指南》（GB/T 35892–2018）执行，实验方案经贵州大学动物伦理委员会批准（批准号：EAE-GZU-2022-T050）。实验动物分为实验组和验证组。实验组由同一孵化批次、共30只雌性黔东南小香鸡组成，饲养于**高低腹部脂肪百分比鸡的腹部脂肪表型**根据实验群体30只黔东南小香鸡的腹部脂肪百分比排名，选取腹部脂肪百分比最高的4只和最低的4只分别作为HAF组和LAF组。HAF组腹部脂肪重量为44.73 ± 15.22 g（n = 4），平均腹部脂肪百分比为4.22%。LAF组腹部脂肪重量为10.32 ± 2.40 g（n = 4），平均腹部脂肪百分比为**脂质相关通路影响鸡的腹部脂肪沉积**腹部脂肪过度沉积阻碍了肉鸡产业的可持续发展。它不仅影响肉鸡的生长性能和降低屠宰率，而且在屠宰后腹部脂肪处置不当还会带来环境风险（CHEN 等人，2023）。此外，使用商业化饲料大规模饲养土鸡更容易导致腹部脂肪沉积。鉴于此，本研究选用中国**结论**本研究基于黔东南小香鸡的转录组数据鉴定了349个与腹部脂肪沉积相关的差异表达基因（DEGs）。通过整合蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和基因模块分析等生物信息学分析，进一步筛选出五个核心候选基因：GPT2、ACSL6、THNSL2、CPS1 和 SDC3。实时定量PCR验证结果一致确认，SDC3 在腹部脂肪组织中的表达显著正相关于**CRediT 作者贡献声明**张少鹏：审阅与编辑、原创稿件撰写、可视化、验证、正式分析、数据整理。杨晓玲：验证。杨永先：调查。龙晓霞：正式分析。熊涛：软件。孟海群：数据整理。王立齐：资源。王中：审阅与编辑、验证、监督、资金获取、概念构思。**伦理声明**本研究所有动物实验操作均按照《实验动物伦理审查指南》（GB/T 35892–2018）执行，实验方案经贵州大学动物伦理委员会批准（批准号：EAE-GZU-2022-T050）。**资金支持**本研究得到国家自然科学基金（批准号：32260829）、大学生创新创业训练计划（项目编号：gzusc2025034）、贵州大学自然科学特殊岗位项目（领导小组2024-12）和贵州省百千万人才工程引领团队（BQW2025-004）的资助。**利益冲突声明**作者无任何利益冲突需要声明。张少鹏 | 杨晓玲 | 杨永先 | 龙晓霞 | 熊涛 | 孟海群 | 王立齐 | 王中