《Genetics in Medicine》：Exome-wide analysis of rare deleterious variants in 3,569 sarcoma cases and 21,788 controls from multiple international data sources reveals no novel susceptibility genes
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摘要目的肉瘤是一种间叶组织来源组织的癌症，约占癌症诊断的1%，包含超过70种亚型。其表型低频和预后不良一直限制了肉瘤易感基因的研究。方法我们使用来自六个病例数据集和四个对照数据集的生殖系外显子组/基因组测序数据，使用SAIGE-GENE对3,569例病例和21,788例对照进
摘要
目的
肉瘤是一种间叶组织来源组织的癌症，约占癌症诊断的1%，包含超过70种亚型。其表型低频和预后不良一直限制了肉瘤易感基因的研究。
方法
我们使用来自六个病例数据集和四个对照数据集的生殖系外显子组/基因组测序数据，使用SAIGE-GENE对3,569例病例和21,788例对照进行病例-对照基因负荷检验。我们分析了92个常染色体显性遗传癌症易感基因的致功能缺失变异的丧失和/或可能致病/致病的变异。我们对"第1层"：致功能缺失变异和"第2层"：致功能缺失和蛋白质改变变异进行了外显子组-wide关联研究（ExWAS）。
结果
TP53和NF1，这两个已确定的肉瘤易感基因，在病例中显示出致功能缺失和致病/可能致病变异的显著增加负荷。在排除已知的肉瘤易感基因后，其余癌症易感基因的合格变异在合并后仍存在残余增加负荷。TP53在ExWAS中仅在病例的第1层显示出合格变异的显著增加负荷。尽管检测相对风险≥5、人群频率≥0.17%的新肉瘤易感基因的效力约为80%，但未发现新的基因-肉瘤关联。
结论
未发现的肉瘤易感基因可能具有较小的效应大小和/或发生的频率较低和/或关联仅限于特定的罕见亚型。
Alice Garrett|Zeid Kuzbari|Isaac Wade|Chey Loveday|Charlie Rowlands|Adrian Larkeryd|Sophie Allen|Swetansu Pattnaik|Piyush Mundra|Adrienne Flannagan|Ian Tomlinson|Mandy Ballinger|Philip J. Lupo|Douglas R. Stewart|David Thomas|Clare Turnbull
癌症研究所遗传学和流行病学部
