MYSTIC-seq：基于质粒的杂交捕获用于定位转基因小鼠中的转基因整合位点

《Transgenic Research》：MYSTIC-seq: plasmid-based hybridization capture for mapping transgene integration sites in transgenic mice

　　表征转基因的基因组整合位点对于解释转基因动物品系的表型以及设计可靠的基于PCR的基因分型检测方法（能够区分半合子、纯合子和野生型动物）至关重要。现有的整合位点定位方法，包括反向PCR、TAIL-PCR、靶向位点扩增（TLA）和Cas9介导的长读长测序，在成本、通量、基础设施要求和可及性方面各不相同。在此，我们描述了MYSTIC-seq（Mapping Your Secret Transgene Integration Coordinates），这是一种靶向短读长测序方法，其捕获探针文库直接由用于产生转基因动物的质粒生成。这消除了设计和合成单个捕获寡核苷酸的需求，并使该方法能够立即适用于任何可获得质粒的构建体。基因组DNA文库通过与生物素化的质粒来源探针杂交进行富集，在链霉亲和素磁珠上捕获，并在标准Illumina平台上以适中的深度（每个样本约100万条reads）进行测序。整合位点通过插入位点邻近基因组覆盖度的局部富集以及跨越转基因-基因组连接点的非一致读段和分裂读段来识别。我们在三个通过原核显微注射产生的转基因小鼠品系上展示了该方法。在ACE5品系中，两个转基因-基因组连接点均被定位，揭示了整合位点处约54 kb的缺失；恢复的坐标使得PCR基因分型检测能够区分合子性，并允许无需测交即可建立纯合品系。在MT1和APP品系中，恢复了两个连接点中的一个，这足以用于基因分型，对MT1品系的分析检测到载体骨架序列被整合到多联体中，这是原核显微注射的已知人工产物。我们讨论了该方法的局限性，包括复杂多联体位点的连接点恢复不完全、Cot-1抑制重复区域内连接点的掩盖，以及无法检测整合到多联体中的异位非参考DNA。MYSTIC-seq为转基因动物设施中最常见的实际需求提供了低成本、可及且易于适应的解决方案：快速鉴定用于基因分型和群体管理的整合位点坐标。