北京猪群中戊型肝炎病毒的血清流行病学与分子特征分析

《BMC Microbiology》：Seroprevalence and genetic characterization of zoonotic hepatitis E virus among swine in Beijing, China

　　摘要戊型肝炎病毒（HEV）是一种广泛存在于猪群中的主要人兽共患病病原体，但关于其在北京猪群中分子流行病学的当代数据有限。我们调查了中国北京猪群中HEV的血清流行病学和分子特征。共检测了来自21个猪场的1,018份血清样本的抗HEV IgG，并对来自屠宰猪的991份胆汁样本进行了HEV RNA筛查。对HEV阳性样本进行了ORF1/ORF2测序和系统发育分析，并选取部分样本进行了近全长基因组测序和氨基酸特征分析。总体血清阳性率为21.81%，各调查猪场之间存在差异。在4.74%的胆汁样本中检测到HEV RNA，并从41份样本中成功获得序列数据。HEV-4是主要基因型，其中4a亚型占大多数样本，其次是4d亚型，而HEV-3a的检出频率较低。与所选参考序列相比，三个近全长基因组中未观察到明显的重组信号。氨基酸分析鉴定出RdRp第1634位残基存在基因型相关变异，而在ORF2的一个已报道中和表位内鉴定出一种替换类型（T497I）。这些发现描述了北京采样猪群中HEV的血清流行病学和分子特征，并支持继续进行基因型分辨的分子监测。摘要戊型肝炎病毒（HEV）是一种广泛存在于猪群中的主要人兽共患病病原体，但关于其在北京猪群中分子流行病学的当代数据有限。我们调查了中国北京猪群中HEV的血清流行病学和分子特征。共检测了来自21个猪场的1,018份血清样本的抗HEV IgG，并对来自屠宰猪的991份胆汁样本进行了HEV RNA筛查。对HEV阳性样本进行了ORF1/ORF2测序和系统发育分析，并选取部分样本进行了近全长基因组测序和氨基酸特征分析。总体血清阳性率为21.81%，各调查猪场之间存在差异。在4.74%的胆汁样本中检测到HEV RNA，并从41份样本中成功获得序列数据。HEV-4是主要基因型，其中4a亚型占大多数样本，其次是4d亚型，而HEV-3a的检出频率较低。与所选参考序列相比，三个近全长基因组中未观察到明显的重组信号。氨基酸分析鉴定出RdRp第1634位残基存在基因型相关变异，而在ORF2的一个已报道中和表位内鉴定出一种替换类型（T497I）。这些发现描述了北京采样猪群中HEV的血清流行病学和分子特征，并支持继续进行基因型分辨的分子监测。