整合短读长读转录组揭示猪雄性生殖轴细胞类型与转录本多样性

《Scientific Data》：Single-cell short- and long-read transcriptomic atlas of seven male reproductive-axis tissues from the Baoshan pig (Sus scrofa)

摘要

雄性生殖轴负责协调神经内分泌调节、精子发生、精子成熟以及附属腺的分泌过程，然而针对猪这一生殖系统的单细胞短读长读转录组数据资源仍然十分有限。在本研究中，我们从一只18个月大的保山公猪的多个生殖轴组织（包括下丘脑、垂体、睾丸、附睾、精囊、前列腺和尿道球腺）中获得了单细胞短读长读转录组数据。通过整合这些短读数据，我们共识别出76,398个细胞，并明确了这7种组织中的10种主要细胞类型，从而为跨组织比较提供了细胞类型框架。同时，长读数据分析共检测到158,048个全长转录本，实现了单细胞水平上的转录本结构分析和同源异构体鉴定。综上所述，这些数据集为研究猪雄性生殖轴中的基因表达、转录本多样性及细胞类型特异性剪接特征提供了基于细胞类型的分析资源。