长链非编码RNA MMP2-AS1、FAM222A-AS1和XIST在HIV感染中的差异表达及其作为诊断和治疗反应生物标志物的潜力

《Scientific Reports》：Emerging role of LncRNAs MMP2-AS1, FAM222A-AS1, and XIST as potential biomarkers in HIV patients receiving antiretroviral therapy

长链非编码RNA（lncRNAs）在免疫调节和病毒致病机制中发挥重要作用。然而，它们在HIV感染中的表达模式及临床相关性尚未被完全理解。本研究旨在验证HIV感染者中差异表达的lncRNAs，并评估其在区分病毒血症患者与ART抑制患者方面的潜在作用。对来自基因表达综合数据库的GSE235038数据集进行了转录组学分析。使用GEO2R鉴定差异表达lncRNAs（log?FC > 2/ < ?2，p < 0.05）。在巴基斯坦临床队列（195名HIV患者和51名健康对照者）中，使用实时定量PCR对lncRNAs MMP2-AS1、FAM222A-AS1和XIST进行了实验验证。采用ROC曲线分析评估lncRNAs的诊断性能。构建了竞争性内源RNA（ceRNA）网络，随后进行了基因本体论（GO）和KEGG通路富集分析。观察到与HIV感染和ART状态相关的显著lncRNA表达失调。MMP2-AS1在病毒血症患者中上调，而FAM222A-AS1和XIST显著下调。qRT-PCR验证证实了这些表达模式。MMP2-AS1和FAM222A-AS1在区分病毒血症患者与健康对照者方面表现出较强的诊断性能，XIST显示出较高的区分能力，提示其可能与治疗反应存在潜在关联。ceRNA网络分析揭示了与miRNAs和mRNAs相关的免疫及信号通路相互作用。功能富集分析突出了参与免疫调节、转录控制和信号转导的通路。独特的lncRNAs表达与HIV疾病活动度和ART反应相关。MMP2-AS1和FAM222A-AS1具有作为诊断生物标志物的潜力，而XIST可能作为治疗反应相关的标志物。然而，对XIST的解读需要考虑其性别特异性表达，并在平衡队列中进行验证。