基于全基因组测序的葡萄牙市售净化双壳类中霍乱弧菌和副溶血性弧菌分离株的表征

《Foods》：Non-Pandemic Vibrio cholerae and Vibrio parahaemolyticus ST98 Recovered from Commercially Depurated Bivalves Marketed in Portugal: Whole-Genome and Phylogenomic Characterization

　　霍乱弧菌（*Vibrio cholerae*）和副溶血性弧菌（*Vibrio parahaemolyticus*）是自然存在的水生细菌，具有公共卫生相关性，可能污染海产品，包括双壳类软体动物。本研究对从葡萄牙市售的经商业净化处理的贻贝（*Mytilus* spp.）和蛤蜊（*Spisula solida*）中分离出的两株弧菌进行了表征。我们进行了物种鉴定、抗菌药物敏感性试验、Oxford Nanopore全基因组测序（WGS）、平均核苷酸一致性分析、抗菌药物耐药性及毒力谱分析、基因血清分型、前噬菌体预测以及核心基因组系统发育分析。WGS结果证实，源自贻贝的分离株为霍乱弧菌，源自蛤蜊的分离株为副溶血性弧菌。表型检测显示，霍乱弧菌分离株对美罗培南耐药，而由于药物浓度范围限制或缺乏弧菌特异性临床折点，若干其他抗菌药物的最低抑菌浓度（MIC）无法进行类别判定。霍乱弧菌分离株缺乏*ctxA*、*ctxB*、毒素协同菌毛簇、*ace*和*zot*基因，其O1/O139血清群状态仍未确定，因为O1相关标记缺失，但检测到一个完整但非完全匹配的*wbfZ*样序列。然而，其基因组仍包含一个广泛的VI型分泌系统基因库以及若干溶血素和毒素相关决定因子。在系统发育关系上，该分离株与 environmental strain RFB16 最为接近，并区别于分析中包括的大流行参考谱系。副溶血性弧菌分离株被鉴定为ST98和OL4型，并携带一个趋异的KL55样K抗原基因座。其毒力相关基因库以高度保守的III型分泌系统1为主，同时包含黏附、运动性和溶血素相关决定因子，而主要的肠致病性标记*tdh*和*trh*则缺失。该菌株与菌株vp-HL-202008亲缘关系最近，尽管这一关系得到了中等程度的系统发育支持。耐药相关决定因子主要位于染色体上，前噬菌体分析在霍乱弧菌中鉴定出两个假定区域，在副溶血性弧菌中鉴定出七个假定区域。总体而言，这些发现表征了从葡萄牙市售的经商业净化处理的双壳类软体动物中回收的两株弧菌分离株。它们的检出并不表明净化处理失败或存在直接的消费者健康风险，但突出了基于常规指示菌的合规性并不一定能排除本地弧菌属物种，并支持了基因组监测在海产品安全中的价值。