摘要
热应激对奶牛的产奶性能、繁殖能力和福利构成严重威胁，然而个体耐热性差异背后的遗传机制仍知之甚少。虽然以往的研究主要集中于miRNA表达谱或编码基因变异，但对miRNA基因内变异的全基因组鉴定仍很大程度上未被探索。在本探索性研究中，对先前根据夏季热应激下繁殖性能进行分类，并辅以生理和内分泌特征鉴定的耐热型和热敏感型荷斯坦奶牛进行了混合全基因组测序，以鉴定miRNA基因内的候选遗传变异。在应用的变异检出和过滤标准下，在耐热型测序池中检测到15个变异，而在热敏感型池中未检测到，这些变异分布于15个不同的miRNA位点，包括一个潜在的新型SNP。其中5个变异位于成熟miRNA序列内，若干变异与预测的最小自由能（ΔG）变化相关，提示前体miRNA二级结构和热力学稳定性可能存在差异。bta-miR-2883和bta-miR-2388-3p中的两个种子区变异与计算预测的miRNA靶标库存在较大差异相关，每个miRNA预计新增约3000个靶基因，丢失约600个靶基因。对计算预测的靶标集进行功能富集分析发现，在新增靶标中，应激响应信号通路和代谢相关的生物学过程和通路显著富集；而在丢失的靶标中，细胞内运输、囊泡介导的转运和膜动力学相关功能显著富集。总的来说，这些计算发现鉴定了miRNA基因内的候选变异，并对其潜在的调控后果提出了假说，但尚未确立其在耐热性中的功能参与。需要个体水平基因分型、基因型-表型关联分析以及功能验证来确定其生物学相关性。
