哈萨克斯坦养殖鱼类病毒多样性宏基因组调查揭示虹鳟鱼中正呼肠孤病毒3型样序列

《Viruses》：Viral Profiles in Aquaculture Fish from Kazakhstan: A Metagenomic Survey

　　哈萨克斯坦水产养殖鱼类的病毒多样性研究仍然不足。本研究调查了代表四种重要经济鱼类（鲢鱼、草鱼、鲟鱼和虹鳟鱼）的十个混合组织文库中的候选病毒相关序列。使用Illumina MiSeq平台对RNA富集文库进行测序，并通过宏基因组分析流程评估病毒分类。在最初鉴定的21个分类单元中，保留了8个用于鱼类重点分析。最显著的发现是一个正呼肠孤病毒样序列信号，集中在来自阿拉木图地区的两个虹鳟鱼文库中。一段2356个核苷酸的L1区部分序列与先前报道的鱼类正呼肠孤病毒3型（PRV-3）参考序列具有99.96%的核苷酸一致性，系统发育分析支持其归类于PRV-3序列分支。鲟鱼和虹鳟鱼文库间的候选病毒分类谱存在差异（PERMANOVA R2 = 0.455，精确p = 0.0286），但宿主物种、采样地点和组织类型存在混杂因素。分类学过滤也显著影响了观察到的多样性估计。这些发现为哈萨克斯坦水产养殖鱼类中候选病毒多样性提供了初步证据，并将虹鳟鱼中的PRV-3样序列确定为需要优先进一步研究的对象。需要更广泛的采样、靶向分子验证和额外的基因组表征来阐明这些病毒的分布和潜在临床意义。