《Journal of Clinical Microbiology》：An update on novel and included taxa and revised taxonomic status of bacteria isolated from domestic companion and agricultural animals
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摘要专业翻译
随着全基因组测序成本的降低及其在细菌研究中的快速普及，新细菌的识别持续扩展。本研究对2025年新鉴定的细菌物种及细菌命名修订进行了综述。2025年新确认了葡萄球菌科（Staphylococcaceae）、链球菌科（Streptococcaceae
摘要专业翻译
随着全基因组测序成本的降低及其在细菌研究中的快速普及，新细菌的识别持续扩展。本研究对2025年新鉴定的细菌物种及细菌命名修订进行了综述。2025年新确认了葡萄球菌科（Staphylococcaceae）、链球菌科（Streptococcaceae）、放线菌科（Actinomycetaceae）、假单胞菌科（Pseudomonadaceae）和巴斯德菌科（Pasteurellaceae）的新成员。虽然2025年鉴定的大多数新生物体分离自健康动物的皮肤或胃肠道正常菌群，但也发现了一些值得关注的新分类群，包括携带源自金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）mecB耐药决定簇的Macrococcus psychrotolerans sp. nov.。此外，从猫脓胸病例中分离的Buchananella felis sp. nov.成为Buchananella属的第二个成员，与Buchananella hordeovulneris并列。在革兰阴性菌中，新确认了一个Pseudomonas新种及一个巴斯德菌科（Pasteurellaceae）新成员，即从宠物仓鼠脓肿中分离的Rodentibacter abscessus sp. nov.。螺旋形或弯曲菌的增补包括Campylobacter canis sp. nov.和Helicobacter gastrocanis sp. nov.。此外，本文还简要描述了七个细菌分类群的修订建议。
论文主体内容学术总结
引言
细菌是地球上最高效且适应性最强的生命形式之一，每个物种在为整个生态系统作出贡献的同时，也利用其环境中独特的营养物质和组分。细菌参与高效进化，维持着满足其生长物理需求的优化基因组，并每日经历可能有益或有害于动物宿主的自然选择过程。随着人类驯化动物并改变饲养方式——如集中饲养和改变日粮——动态变化的细菌种群不断调整和进化以适应新条件带来的挑战，在某些情况下导致疾病发生。这一持续过程促使新生物体不断被识别。分类学提供了一种通用语言和结构框架，指导人们对细菌间关系的理解，并揭示其占据的生态位、独特的生理需求及致病能力。
为指导新命名变更的识别和采纳，并作为既往关于人类原发临床标本中新型细菌物种发现、有效发表、纳入及命名修订综述的补充，《临床微生物学杂志》（Journal of Clinical Microbiology）自2023年初开始发表关于驯养或农业兽医宿主来源细菌物种的类似变更的论文。本系列出版物的核心目标是向兽医微生物学实验室工作者提供可综合并整合到常规实验室实践中的数据。本文总结了2025年正式公布的来源于家养伴侣动物和农场养殖农业动物的新分类群及分类修订。
材料与方法
根据国际原核生物系统学委员会的规定，与原核生物物种相关的有效发表新分类群名称和修订名称必须满足《国际原核生物命名法典》设定的两项要求。首先，原始研究需发表在《国际系统与进化微生物学杂志》（IJSEM）上。其次，模式菌株需保藏于两个不同国家的认可菌种保藏中心。自2018年1月起，IJSEM中的分类群描述要求将模式菌株的基因组测序数据提交至GenBank，并将基因组登录号纳入有效发表内容，同时需评估该序列与相关分类群的相似性。
作为在IJSEM上直接发表的替代途径，研究也可在其他期刊发表，随后在IJSEM上被收录。读者可能注意到，在某些情况下，物种描述的发表可能早于被收录至验证清单数年。验证清单每年出版六次，作者须向IJSEM编辑部提交有效发表论文的副本，以确认满足有效发表的所有要素。约半数有效发表但非IJSEM发表的分类群未被作者提交至IJSEM纳入验证清单。
近期发表家养动物来源新分类群有效名称的非IJSEM期刊包括Anaerobe、Antonie Van Leeuwenhoek、Applied and Environmental Microbiology、Cell Host & Microbe、Current Microbiology、Frontiers in Microbiology和Systematic and Applied Microbiology。
通过IJSEM有效发表或纳入验证清单而有效发表的分类群名称，后续可能被视为同义词。一旦分类群名称被有效发表或纳入验证清单，只要它是适当范围、位置和等级的正确名称，该名称就保持可用。被转移至其他分类群的名称通常不会放弃其有效发表状态；大多数原核生物命名修订源于分类学观点的变化。
研究人员手动检索了2025年1月至2025年12月出版的IJSEM所有期次（包括六份验证清单），查找描述新物种有效发表名称或命名变更的原始文章。为保持一致性，仅纳入具有“正确名称”分类学状态的命名。该审查进一步筛选了从家养动物中分离的生物体。家养动物的定义包括农业环境中的动物、伴侣动物和养殖禽类。此外，新物种也从蜜蜂或蜂蜜/蜂巢中分离。蜜蜂被美国联邦政府机构归类为牲畜或食品生产动物。相关生物体被纳入本分类学综述，因为兽医微生物学实验室在提供培养和药敏试验结果方面发挥作用。
结果与讨论
本文呈现了按革兰染色形态和氧生长需求分层的、从家养伴侣动物和农场养殖农业动物中分离的新分类群汇总。表1中的分类群组织方式以表型手段为主，按字母顺序而非时间顺序排列。表2提供了最初从家养兽医来源分离的生物体的替代分类学命名。
新分类群
本年度发表或收录的新分类群讨论主要聚焦于引起牲畜和伴侣动物疾病或在疾病调查期间采集的生物体。在38个新发表或收录的分类群中，28个最初分离自其宿主物种的胃肠道。除Campylobacter canis sp. nov.和Helicobacter gastrocanis sp. nov.外，这些将不作详细讨论。
在革兰阳性球菌中，葡萄球菌科（Staphylococcaceae）的三个新成员属于Macrococcus caseolyticus分支。Macrococcus属于1998年首次提出，由排列成四联体或簇状的革兰阳性、非运动球菌组成，与葡萄球菌属（Staphylococcus）及其Mammaliicoccus同义词属密切相关。M. caseolyticus系统发育分支包括在食品发酵中具有重要作用的Macrococcus caseolyticus subsp. caseolyticus，以及公认的兽医病原体如引起犬皮肤感染的Macrococcus canis。重要的是，Ma?laňová等人报道了从瑞士犊牛鼻拭子中分离的Macrococcus psychrotolerans sp. nov.中* mecB耐药决定簇从金黄色葡萄球菌的转移。除M. psychrotolerans* sp. nov.外，Macrococcus属内的新分类群还包括从患乳腺炎奶牛乳汁及牛、马和猪皮肤中分离的Macrococcus animalis sp. nov.，以及从马皮肤和猫泌尿道感染中分离的Macrococcus equi sp. nov.。M. animalis sp. nov.与M. equi sp. nov.的表型区分可基于前者从D-核糖、D-葡萄糖和D-蔗糖产酸及水解甲基-β-D-吡喃葡萄糖苷的能力，而M. equi菌株对D-核糖产酸阴性且对甲基-β-D-吡喃葡萄糖苷水解和α-葡萄糖苷酶活性阴性。两种生物体均可依据其在12.5%氯化钠中生长的能力与Macrococcus属近缘种区分。M. psychrotolerans sp. nov.可在10%氯化钠中生长，对核糖产酸阳性，但对半乳糖、乳糖和甘露醇产酸阴性。
其他新革兰阳性球菌包括链球菌科（Streptococcaceae）的四个新成员：从英国家猪肝脏中分离的Streptococcus hepaticus sp. nov.，以及均从美国健康猪阴道分离的Streptococcus iners sp. nov.、Streptococcus iners subsp. hyiners subsp. nov.和Streptococcus suivaginalis sp. nov.。纯培养的α-溶血性S. hepaticus sp. nov.于2020年间隔3个月从两头送检至动植物卫生署的猪中分离，作为断奶前仔猪突然死亡诊断调查的一部分。基于16S rRNA、groEL、sodA和rpoB基因序列，该分离株与Streptococcus gallinaceus亲缘关系最近。S. iners sp. nov.、S. iners subsp. hyiners subsp. nov.和S. suivaginalis sp. nov.均分离自美国俄亥俄州健康猪的阴道拭子。三种新链球菌基于16S rRNA与Streptococcus suis、Streptococcus parasuis和Streptococcus oriscaviae亲缘关系最近。基于recN同源性，S. iners sp. nov.和S. iners subsp. hyiners subsp. nov.与S. suis密切相关，而S. suivaginalis sp. nov.与Streptococcus ovis、Streptococcus minor和Streptococcus varani密切相关。
表1中描述的大多数新革兰阳性杆菌、革兰阴性球杆菌和杆菌、严格厌氧菌及未按革兰反应表征的分类群均分离自健康动物的胃肠道，不再赘述。Buchananella felis sp. nov.是从猫脓胸病例中分离的，是唯一与疾病相关的革兰阳性杆菌。Buchananella属归类于放线菌科（Actinomycetaceae），此前仅包含单一物种Buchananella hordeovulneris，该菌引起犬的脓胸、胸膜炎、腹膜炎和脓肿。Buchananella属与放线菌属（Actinomyces）和Schaalia属的区别在于其肽聚糖组成，含有半乳糖和葡萄糖但不含6-脱氧塔罗糖或鼠李糖。四株B. felis sp. nov.分离自猫的胸部感染，包括胸腔积液和纵隔感染。在四只猫中的三只中，该生物体与混合厌氧菌群共同分离。基于16S rRNA，分离株与B. hordeovulneris聚类为最近亲缘关系，使用92个细菌核心基因构建系统发育树时该关系仍然保持。
2025年确认的两个革兰阴性菌种值得讨论。Pseudomonas alabamensis sp. nov.是一种荧光杆菌，最初分离自阿拉巴马州甜瓜叶片的坏死病变。将分离株的全基因组序列数据与公开序列比较，发现一个与堪萨斯州健康Bos taurus犊牛鼻咽拭子中的Pseudomonas分离株基因相似。P. alabamensis sp. nov.引起植物疾病的能力提示该生物体可能作为动物机会性病原体。基于16S rRNA和全基因组序列比较，P. alabamensis sp. nov.与Pseudomonas monteilii亲缘关系最近。该菌在营养琼脂上呈圆形、亮黄色、有光泽的菌落，在King's B培养基上生长24至48小时在紫外光下表现荧光。值得注意的是，P. alabamensis sp. nov.氧化酶阴性，精氨酸双水解酶阴性。
革兰阴性杆菌Rodentibacter abscessus sp. nov.是巴斯德菌科（Pasteurellaceae）的新成员。目前Rodentibacter属包含10个种和2个基因种。模式菌株为Rodentibacter pneumotropica，最初从实验室小鼠的肺炎病变中分离。从啮齿动物分离是Rodentibacter属多个成员的特征。R. abscessus sp. nov.从日本不同地区五只宠物仓鼠的皮下脓肿、耳部脓肿或耳道液中分离。基于16S rRNA，其与Rodentibacter haemolyticus亲缘关系最近。菌落呈黄色色素、β-溶血，在MacConkey琼脂上不生长。R. abscessus sp. nov.的最佳生长温度为30°C至37°C，兼性、氧化酶阳性、脲酶阳性，产生α-葡萄糖苷酶并能从L-阿拉伯糖和D-海藻糖产酸。
Campylobacter canis sp. nov.分离自智利瓦尔迪维亚犬的口腔，Helicobacter gastrocanis sp. nov.分离自日本犬的胃黏膜，是2025年描述的新型螺旋形或弯曲菌。C. canis sp. nov.是在2023年一项针对因口腔或胃肠道疾病以外原因就诊犬只的研究中分离的。57只被采样犬中，14只（24.6%）的口腔拭子培养出C. canis sp. nov.。其生长温度具有重要意义，因为大多数嗜热弯曲菌如Campylobacter jejuni和Campylobacter coli的分离方案使用42°C，而多种从犬分离的弯曲菌为非嗜热菌，在37°C生长更好。hsp60和16S rRNA序列数据表明C. canis sp. nov.与其他弯曲菌属形成独立分支，与Campylobacter concisus群亲缘关系最近。犬可作为C. concisus群的储存宿主。C. concisus群和C. canis sp. nov.在犬牙周病或胃肠道疾病中的作用尚未确立。
H. gastrocanis sp. nov.于2019年从一只患有蛋白丢失性肠病的犬胃中分离。胃螺旋形细菌长期以来在犬和猫的胃中被识别。16S rRNA和核心基因分析表明H. gastrocanis sp. nov.与Helicobacter ailurogastricus和Helicobacter heilmannii亲缘关系最近。
分类修订
2025年期间，对七个先前确认的分类群提出了修订。在革兰阳性球菌中，围绕Streptococcus thermophilus和Streptococcus salivarius subsp. thermophilus分类群存在长期争论。在Tang等人的报告之前，自后者于1984年有效发表以来，S. thermophilus和S. salivarius subsp. thermophilus一直被视为同义词。S. thermophilus最初分离自乳制品和乳品加工环境，是奶酪和酸奶生产中具有经济重要性的起始培养物。S. salivarius最初分离自人类唾液。利用全基因组测序比较S. thermophilus和S. salivarius，Tang等人确定两种生物体在16S rRNA中具有94.8%–99.8%的相似性，在recA中具有89.8%–91.8%的相似性。此外，两种物种之间的物种特异性基因数量存在显著差异。这些结果支持将S. thermophilus作为独立于S. salivarius的独特物种。
Pasteurella langaaensis最初分离自丹麦健康鸡的呼吸道，现被提议作为新属Alitibacter的唯一成员。该属名基于拉丁名词“ales”（意为鸟）和“bacter”（意为小杆状菌）。Alitibacter langaaensis comb. nov.的提出基于该菌在属水平上与巴斯德菌科其他成员不相关，与Actinobacillus rossii模式菌株最近的16S rRNA基因序列同一性仅为95%。Pseudomonas boreopolis可降解芳香族化合物，已从中国患蹄叶炎奶牛的瘤胃液中分离，基于与黄单胞菌属（Xanthomonas）物种16S rRNA的密切序列相似性（97.2%–97.9%）及与假单胞菌科比较时低于60%–85%截断值的氨基酸同一性值，被提议为Xanthomonas boreopolis comb. nov.。
在厌氧菌方面，三个革兰阳性和一个革兰阴性菌种经历了命名修订，但这些生物体均分离自胃肠道菌群。与X. boreopolis comb. nov.类似，革兰阴性卵圆形菌Dialister histaminiformans comb. nov.（此前发表为Allisonella histaminiformans）最初分离自奶牛瘤胃液，被认为可能在蹄叶炎发展中具有潜在作用。提议修订为新属Dialister的依据是对韦荣球菌科（Veillonellaceae）的研究以及16S rRNA与模式种Dialister pneumosintes的基因序列相似性值高于属划分阈值。
结论
家养动物与人类生活密不可分。通过动物，人类获得食物、衣物和陪伴。细菌既对动物的健康和福祉及其所处环境至关重要，在某些情况下也导致动物疾病。随着来自家养动物的新生物体被识别，人们对细菌与宿主之间相互关联的理解不断加深。分类学持续提供结构性指导，以加深对细菌在动物健康和疾病中贡献的理解。从健康动物菌群中持续识别新生物体凸显了人们对占据动物宿主独特环境的细菌仍有许多待了解之处。今天被识别为正常菌群的生物体可能在未来提供预防或治疗疾病的新型干预措施。此外，mecB从S. aureus向M. psychrotolerans sp. nov.转移的识别凸显了兽医临床微生物学实验室可能需要对葡萄球菌科（Staphylococcaceae）中超越葡萄球菌属的成员考虑进行药敏试验。
